cBioPortal：卵巢浆液性囊腺癌（TCGA，Nature 2011）
该数据集来自 cBioPortal，标题为 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011)，对应 TCGA 卵巢浆液性卵巢癌项目，包含 489 例高级别浆液性卵巢腺癌的肿瘤/正常配对全外显子测序数据，共 489 个病例，原始数据可通过 TC
基本信息
资源简介
cBioPortal：卵巢浆液性囊腺癌（TCGA，Nature 2011）
cBioPortal 收录的 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011) 数据集，对应 TCGA 卵巢浆液性卵巢癌项目，聚焦高级别浆液性卵巢腺癌。该数据集包含 489 例肿瘤/正常配对样本的全外显子测序数据，共 489 个病例，相关研究成果发表于 Nature，并可通过 PubMed 标识符 pmid:21720365 定位。数据集在 cBioPortal 上以 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011) 为标题发布，本站归类为肿瘤 / 其他，主题标签为 hgsoc。原始数据可通过 TCGA Data Portal 获取。该数据集为研究高级别浆液性卵巢癌的基因组改变提供了重要的公开资源。
【数据集背景】
该数据集源自 The Cancer Genome Atlas（TCGA）的 Serous Ovarian Cancer 项目。TCGA 是一项大规模癌症基因组研究计划，旨在通过高通量测序和综合分析，描绘多种癌症类型的基因组图谱。卵巢浆液性囊腺癌是卵巢癌中最常见且致死率较高的亚型之一，其中高级别浆液性卵巢腺癌（HGSOC）尤为突出。该数据集对应的研究发表于 Nature，DOI 标识为 pmid:21720365，是 TCGA 卵巢癌项目的重要成果之一。cBioPortal 作为癌症基因组数据的集成与可视化平台，将该数据集收录并发布，标题为 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011)，主题标签为 hgsoc，便于研究者检索和访问。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 489 例高级别浆液性卵巢腺癌的肿瘤/正常配对全外显子测序数据。所谓肿瘤/正常配对，是指对同一病例的肿瘤组织和正常对照样本分别进行测序，从而能够识别体细胞突变。全外显子测序覆盖基因组中的蛋白编码区域，适用于发现与癌症相关的编码区变异。数据集共包含 489 个病例，与样本配对数量一致。源站描述明确指出这是 489 例高级别浆液性卵巢腺癌的肿瘤/正常配对全外显子测序数据。除测序数据外，源站未提供关于具体突变基因、突变频率、拷贝数变异、表达数据或其他组学层面的详细信息。
【采集与来源】
该数据集由 TCGA 的 Serous Ovarian Cancer 项目产生，原始数据可通过 TCGA Data Portal 获取。cBioPortal 作为来源站，提供了该数据集的发布与访问入口，源站标题为 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011)。数据集的 DOI 标识为 pmid:21720365，对应发表于 Nature 的研究论文。本站分类为肿瘤 / 其他，主题标签为 hgsoc。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及测序平台细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于高级别浆液性卵巢癌的基因组研究，尤其是基于全外显子测序的体细胞突变分析。研究者可以利用肿瘤/正常配对数据识别肿瘤特异性编码区变异，探索与 HGSOC 发生发展相关的基因改变。由于数据集包含 489 个病例，具备一定的样本规模，可用于队列水平的突变谱分析、候选基因筛选以及与其他卵巢癌数据集的比较研究。此外，该数据集可作为 TCGA 卵巢癌项目的一部分，用于验证或整合多组学分析结果。主题标签 hgsoc 表明其与高级别浆液性卵巢癌直接相关，适合该亚型的基础与转化研究。关于具体的分析工具或流程，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 cBioPortal 平台访问该数据集，源站标题为 Ovarian Serous Cystadenocarcinoma (TCGA, Nature 2011)。原始数据可通过 TCGA Data Portal 获取。cBioPortal 通常提供数据浏览、查询和下载功能，但关于该数据集在 cBioPortal 上的具体操作界面、数据格式、下载选项以及是否提供在线分析工具，源站未提供。用户如需使用原始测序数据，应前往 TCGA Data Portal 按照其数据访问流程获取。关于数据的使用许可、访问限制或申请步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 TCGA 项目，并发表于 Nature，具有较高的学术可信度。全外显子测序能够覆盖蛋白编码区域，但可能遗漏非编码区变异、结构变异或表观遗传改变。肿瘤/正常配对设计有助于区分体细胞突变与胚系变异，但样本质量、测序深度和覆盖均一性等因素可能影响变异检出的灵敏度与特异性。该数据集仅包含 489 例高级别浆液性卵巢腺癌病例，可能无法代表所有卵巢癌亚型或人群多样性。关于数据的具体质量控制指标、缺失值情况、批次效应或验证结果，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的 DOI 标识为 pmid:21720365，对应发表于 Nature 的研究论文。使用该数据集时，应引用相应的 TCGA 卵巢癌项目研究成果。关于数据的具体许可协议、使用条款、商业用途限制或再分发要求，源站未提供。用户应参考 cBioPortal 和 TCGA Data Portal 的相关政策，并遵循其数据访问与引用规范。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://cbioportal.org/study/summary?id=ov_tcga_pub
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Whole exome sequencing of 489 high-grade serous ovarian adenocarcinoma tumor/normal pairs. The Cancer Genome Atlas (TCGA) Serous Ovarian Cancer project. 489 cases. Raw data via the TCGA Data Portal .
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
