cBioPortal：肺鳞状细胞癌（TCGA，Nature 2012）
数据主题标签为 lusc，可用于肺鳞状细胞癌的基因组变异分析、肿瘤与正常样本的区分及相关分类研究（来源 cBioPortal）
基本信息
资源简介
cBioPortal：肺鳞状细胞癌（TCGA，Nature 2012）
cBioPortal 收录的 Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012) 数据集，围绕肺鳞状细胞癌这一肿瘤类型，提供了来自癌症基因组图谱（TCGA）项目的全外显子测序数据。该数据集以 178 对肺鳞状细胞癌肿瘤/正常配对样本为核心，可用于观察肿瘤样本与正常样本之间的基因组差异，并支持肺鳞状细胞癌相关的基因组变异分析与分类研究。数据集在 cBioPortal 平台上以“Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012)”为标题发布，主题标签为 lusc，相关研究可追溯至 pmid:22960745。整体而言，该数据集面向肿瘤基因组学研究中肺鳞癌方向的探索性分析需求，为理解该肿瘤类型的分子特征提供了公开可用的数据资源。
【数据集背景】
肺鳞状细胞癌是非小细胞肺癌的主要亚型之一，其分子机制和基因组变异特征一直是肿瘤研究的重要方向。该数据集来源于 The Cancer Genome Atlas（TCGA）的肺鳞状细胞癌项目，项目英文名称为 Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012)，在 cBioPortal 平台上发布。其核心工作是对肺鳞状细胞癌样本开展全外显子测序，通过肿瘤与正常样本的配对比较，识别肿瘤中可能存在的基因组改变。该数据集的主题标签为 lusc，这一标签有助于在 cBioPortal 及相关检索环境中定位肺鳞状细胞癌相关数据。数据集的 DOI 标识为 pmid:22960745，表明其与已发表研究相关联，便于用户在学术引用和溯源时使用。
【数据内容】
该数据集的主要内容是全外显子测序数据，覆盖 178 对肺鳞状细胞癌肿瘤/正常配对样本。所谓肿瘤/正常配对，通常意味着同一患者的肿瘤组织与正常组织样本被一并测序，从而可以通过比较识别肿瘤特异性的基因组变异。数据集的主题标签为 lusc，指向肺鳞状细胞癌。源站描述明确指出，这是对 178 对肺鳞状细胞癌肿瘤/正常配对样本进行的全外显子测序，属于 The Cancer Genome Atlas（TCGA）肺鳞状细胞癌项目的一部分。除上述信息外，关于具体基因列表、变异类型、突变频率、临床注释字段、样本分层信息等内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来自 cbioportal.org，源站标题为 Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012)。其数据产生背景是 The Cancer Genome Atlas（TCGA）的肺鳞状细胞癌项目，采集对象为肺鳞状细胞癌肿瘤样本及其对应的正常样本，共 178 对。测序策略为全外显子测序。数据在 cBioPortal 平台上以肿瘤 / 其他为本站分类进行组织。关于样本采集地点、时间跨度、伦理审批细节、测序平台型号、数据处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肺鳞状细胞癌的基因组变异分析，尤其是基于肿瘤与正常样本配对比较的研究。主题标签 lusc 表明其与肺鳞状细胞癌直接相关，因此可用于该肿瘤类型的分子特征探索、肿瘤与正常样本的区分，以及相关分类研究。在 cBioPortal 环境中，此类数据通常用于查看基因变异、比较样本间差异或开展探索性分析。此外，该数据集也可作为 TCGA 肺鳞状细胞癌项目相关研究的辅助数据资源，用于验证或扩展已有分析。关于具体分析工具、统计方法或临床转化应用，源站未提供。
【使用方法】
该数据集发布在 cBioPortal 平台，用户可通过 cbioportal.org 访问。源站标题为 Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012)，主题标签为 lusc，可作为检索和定位该数据集的依据。使用时可结合 cBioPortal 提供的界面进行数据浏览、样本筛选和变异查看。由于数据集包含 178 对肿瘤/正常配对样本的全外显子测序数据，用户可在平台中围绕肺鳞状细胞癌开展基因组变异分析、肿瘤与正常样本的区分及相关分类研究。关于具体的下载格式、API 接口、账号权限、数据版本更新等信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 TCGA 肺鳞状细胞癌项目的全外显子测序，样本量为 178 对肿瘤/正常配对，来源明确，且与 pmid:22960745 相关联。其主题标签为 lusc，便于在 cBioPortal 中定位。然而，关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应、样本纳入排除标准、测序深度、覆盖度等信息，源站未提供。此外，该数据集仅覆盖全外显子测序层面，是否包含转录组、甲基化、蛋白组等其他组学数据，源站未提供。使用者在解释结果时，应结合具体研究设计和平台说明，避免超出数据本身所能支持的范围。
【引用与许可】
该数据集的 DOI 标识为 pmid:22960745，引用时应参考该标识对应的研究。源站为 cbioportal.org，源站标题为 Lung Squamous Cell Carcinoma (TCGA, Nature 2012)。关于数据许可协议、使用条款、再分发限制、商业使用规定等信息，源站未提供。用户在引用或使用该数据集时，应遵循 cBioPortal 及 TCGA 项目相关的发布规范，并核实源站的最新说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://cbioportal.org/study/summary?id=lusc_tcga_pub
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Whole exome sequencing of 178 lung squamous cell carcinoma tumor/normal pairs. The Cancer Genome Atlas (TCGA) Lung Squamous Cell Carcinoma project.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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