cBioPortal:阑尾癌(MSK,J Clin Oncol 2022)

这是一个由 cbioportal.org 收录的肿瘤类数据集,英文名称为 cBioPortal: Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022),在站内归入“肿瘤 / 其他”,并带有 apad 这一主题标记,内容围绕阑尾癌的靶向测序展开

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基因组分类apad
cBioPortal: Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

cBioPortal:阑尾癌(MSK,J Clin Oncol 2022)

这是一个由 cbioportal.org 收录的肿瘤类数据集,英文名称为 cBioPortal: Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022),在站内归入“肿瘤 / 其他”,并带有 apad 这一主题标记,内容围绕阑尾癌的靶向测序展开。来源网站以 Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022) 作为标题,短描述同样使用这一标题。

【数据集背景】

该数据集与 J Clin Oncol 2022 这一文献线索相关,标识为 pmid:36493333。它来自 cbioportal.org,属于肿瘤/其他类别,并带有 apad 主题标记。除上述信息外,关于研究背景、疾病背景、研究目的、队列设计、临床问题、合作机构等,源站未提供。

【数据内容】

根据来源网站给出的说明,该数据集包含通过 MSK-IMPACT 平台进行的靶向测序,涉及 273 对阑尾肿瘤/正常样本。也就是说,数据以肿瘤与正常样本配对的形式组织,检测方式为靶向测序。关于具体覆盖的基因、变异类型、临床注释、样本级元数据、文件格式、数据层级等,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 cbioportal.org。样本来自阑尾肿瘤/正常配对,数量为 273 对。检测平台为 MSK-IMPACT,方式为靶向测序。文献线索包括 J Clin Oncol 2022 和 pmid:36493333。关于样本采集机构、采集时间、纳排标准、伦理审批、测序中心、数据处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

源站未提供该数据集的专门适用场景。可以确定的是,它在站内归入肿瘤/其他,并带有 apad 主题标记,内容与阑尾癌、MSK-IMPACT 靶向测序以及肿瘤/正常配对样本有关;但该数据集适合支持哪些具体研究问题、分析目标或临床解读,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体使用方法,包括访问入口、下载方式、账号或权限要求、数据浏览界面、分析流程、配套工具、格式转换和二次分析建议等。使用者如需了解如何获取或操作该数据集,应以 cbioportal.org 上的实际说明为准;相关细节目前源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供质量评估信息,例如测序深度、覆盖度、样本质量、数据完整性、缺失情况、批次效应、验证结果或已知偏差。已能确认的是样本规模为 273 对阑尾肿瘤/正常样本,采用 MSK-IMPACT 平台进行靶向测序;其他质量指标与使用限制源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的标识为 pmid:36493333,英文名称为 cBioPortal: Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022),来源站为 cbioportal.org,在来源网站上以 Appendiceal Cancer (MSK, J Clin Oncol 2022) 为标题。关于引用格式、许可协议、使用条款、商业使用限制、数据再分发条件等,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=appendiceal_msk_2022

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过MSK-IMPACT平台对273对阑尾肿瘤/正常配对样本进行靶向测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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