眼微生物组在健康与疾病中的评估

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT05414994

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：微生物定植、眼部疾病、眼病。微生物组被定义为栖息于特定宿主生态位的微生物群落。越来越多的文献报道了肠道微生物组与炎症性肠病、结肠癌等疾病实体之间的关联，并推测可能存在一种可能影响部分患者治疗反应的关联。近期数据提示存在常驻眼部微生物群，其可能对角膜感染具有保护作用[1-4]。然而，关于眼部微生物组及其与疾病或治疗反应的关联所知甚少。美国国家眼科研究所（NEI）近期举办了一场研讨会，讨论表征眼部微生物组及其在促进或预防眼部疾病中作用的挑战。所讨论的主要挑战之一是缺乏描述眼部微生物组的规范性人群数据库。为此，NEI作为前节计划的一部分发布了RFA，征集关于生物样本采集方法及相关临床数据（例如

人口统计学信息、居住情况、用药情况、过敏史）；样本处理以提取分析物（例如DNA、RNA、蛋白质、代谢物），并采用16S rRNA标记基因、全宏基因组测序（WMS）和宏转录组学方法，对低生物量生态位中的微生物进行表征，特别是眼表。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。