APOBEC3A 是台湾 APOBEC 缺失多态性携带者的口腔癌预后生物标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000084250

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数据说明

Chen T-W, Lee C-C, Liu H, Wu C-S, Pickering CR, Huang P-J, 等，Nature Communications 8，文章编号：465 (2017) doi:10.1038/s41467-017-00493-9 口腔鳞状细胞癌是全球范围内的重要癌症，尤其在台湾地区。通过对50份配对样本进行多组学分析整合，我们在台湾患者中发现了一种与胞苷脱氨酶APOBEC相关的主要突变特征，该特征与22q13上APOBEC3基因簇中APOBEC3A表达上调相关。在携带APOBEC3B缺失等位基因的肿瘤中，APOBEC3A表达显著更高。高水平APOBEC3A表达与更好的总生存期相关，尤其是在携带APOBEC3B缺失等位基因的患者中，这一结果在第二个队列中得到验证（n=188；p=0.004）。在143份经基因分型的口腔鳞状细胞癌-台湾样本中，APOBEC3B缺失等位基因的频率约为50%（27例A3B-/-：89例A3B+/-：27例A3B+/+），而314份OSCC-TCGA样本中该频率为5.8%。

因此，我们报告了一种常见的APOBEC突变特征，该特征与台湾口腔鳞状细胞癌中一种影响APOBEC3A表达的APOBEC3B缺失种系多态性相关，并显示具有临床预后意义。我们的发现可能在其他癌症类型的基因组研究中得到重现。质谱数据集如下所示。对OSCC-Taiwan队列中富集的APOBEC相关突变特征进行了研究，以确定该突变特征是否可能与APOBEC表达的肿瘤相关改变相关。对正常/肿瘤配对组织样本的RNA-Seq结果进行了分析，数据可从NCBI获取（BioProject：PRJNA327548和SRA Study：SRP078156）。通过iTRAQ（相对和绝对定量同位素标记）质谱蛋白质定量方法，在38对正常/肿瘤配对组织样本中评估了肿瘤蛋白质组中A3A特异性肽段的相应富集情况。肽段经消化、iTRAQ标记和分级分离

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。