附加文件4:表S3——Hi-C用于精确检测和表征人类肿瘤染色体畸变与拷贝数变异
主题标签:肿瘤、Hi-C、染色体畸变、拷贝数变异、染色质构象、E-GEOD-37752。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖肿瘤。

基本信息
资源简介
附加文件4:表S3——Hi-C用于精确检测和表征人类肿瘤染色体畸变与拷贝数变异
本数据集英文名为“Additional file 4: Table S3. of Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours”,在分类上归入肿瘤/其他,来源站为ebi.ac.uk。从主题上看,该数据集围绕肿瘤、Hi-C、染色体畸变、拷贝数变异与染色质构象等方向展开,属于肿瘤领域的公开数据集,主题涵盖肿瘤。其源站描述指向David Soong、David Rickman、Benjamin Moss、Juan Mosquera、Jan Dlabal、Stéphane Terry、Theresa MacDonald、Joseph Tripodi、Karen Bunting、Vesna Najfeld、Francesca Demichelis、Ari Melnick、Olivier Elemento、Mark Rubin等人于2012年发布的一项数据集,标题为“Oncogene-Mediated Alterations in Chromatin Conformation”,对应E-GEOD-37752。整体而言,该数据集以表格形式呈现与Hi-C应用于人类肿瘤染色体畸变和拷贝数变异精确检测与表征相关的内容,可作为肿瘤染色质构象与基因组结构变异研究的公开资源。
【数据集背景】
该数据集来自一项题为“Oncogene-Mediated Alterations in Chromatin Conformation”的研究,发布年份为2012年,发布者包括David Soong、David Rickman、Benjamin Moss、Juan Mosquera、Jan Dlabal、Stéphane Terry、Theresa MacDonald、Joseph Tripodi、Karen Bunting、Vesna Najfeld、Francesca Demichelis、Ari Melnick、Olivier Elemento、Mark Rubin等。数据集名称表明其内容与“Hi-C作为人类肿瘤中染色体畸变和拷贝数变异精确检测与表征工具”这一主题相关,并以附加文件4中的表S3形式呈现。该数据集所属主题标签包括肿瘤、Hi-C、染色体畸变、拷贝数变异、染色质构象以及E-GEOD-37752,说明其研究背景聚焦于肿瘤中染色质构象变化与基因组结构异常之间的关系。
【数据内容】
该数据集以表格形式组织,具体为“Additional file 4: Table S3”。其主题涵盖肿瘤、Hi-C、染色体畸变、拷贝数变异和染色质构象。关于表格的具体字段、行数、样本数量、统计指标及数值范围,源站未提供。该数据集在分类上属于肿瘤/其他,主题方向为肿瘤领域。
【采集与来源】
该数据集来源站为ebi.ac.uk,源站描述指向ArrayExpress实验E-GEOD-37752,对应标题为“Oncogene-Mediated Alterations in Chromatin Conformation”,发布者为David Soong、David Rickman、Benjamin Moss、Juan Mosquera、Jan Dlabal、Stéphane Terry、Theresa MacDonald、Joseph Tripodi、Karen Bunting、Vesna Najfeld、Francesca Demichelis、Ari Melnick、Olivier Elemento、Mark Rubin,发布年份为2012年。关于样本采集方式、实验平台、数据处理流程等具体信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签,该数据集可应用于肿瘤研究中与Hi-C、染色体畸变、拷贝数变异及染色质构象相关的分析场景,例如作为公开数据资源支持肿瘤基因组结构变异与染色质构象变化的关联研究。关于具体适用分析类型、模型或验证场景,源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法、文件格式说明、预处理步骤或分析流程。使用者可依据来源站ebi.ac.uk及E-GEOD-37752的相关页面获取进一步信息。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、误差范围或使用限制的说明。该数据集为2012年发布的公开数据集,其具体质量指标与局限性需参考源站信息。
【引用与许可】
该数据集的引用信息为:David Soong; David Rickman; Daivd Soong; Benjamin Moss; Juan Mosquera; Jan Dlabal; Stéphane Terry; Theresa MacDonald; Joseph Tripodi; Karen Bunting; Vesna Najfeld; Francesca Demichelis; Ari Melnick; Olivier Elemento; Mark Rubin (2012). Oncogene-Mediated Alterations in Chromatin Conformation [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-37752。关于许可条款与使用授权,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-37752
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
David Soong; David Rickman; Daivd Soong; Benjamin Moss; Juan Mosquera; Jan Dlabal; Stéphane Terry; Theresa MacDonald; Joseph Tripodi; Karen Bunting; Vesna Najfeld; Francesca Demichelis; Ari Melnick; Olivier Elemento; Mark Rubin (2012). Oncogene-Mediated Alterations in Chromatin Conformation [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-37752
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