肉瘤组织解离方案对单细胞与单核RNA测序转录组偏差的补充文件1

资源简介

肉瘤组织解离方案对单细胞与单核RNA测序转录组偏差的补充文件1

Additional file 1 of Dissociation protocols used for sarcoma tissues bias the transcriptome observed in single-cell and single-nucleus RNA sequencing

该数据集为研究论文的补充文件1，包含10张补充图与2张补充表，围绕肉瘤组织不同解离方案（Warm、Cold、Nuclei）对单细胞与单核RNA测序转录组的影响。内容涵盖单细胞与单核富集的门控策略、肉瘤亚型间差异表达基因一致性、解离方案引入的DEG偏差、测序性能差异、基于偏差评分对ES、OS、DSRCT及Neuroblastoma样本类型的分类、基因长度相关偏差、整合后匹配细胞状态的恢复情况，以及质控前后细胞数量和文献整理基因集。可用于评估解离与储存偏差对肉瘤单细胞转录组研究的影响（来源 figshare，CC BY + CC0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows》发表于 Genome Biology（2020），DOI：10.1186/s13059-020-02048-6。项目资助方：NIH CPRIT Cory Monzingo Foundation Blake Abercrombie Foundation。源站首次发布：2024-08-13。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：补充文件1：图S1。富集单细胞和单核的门控策略。图S2。比较Warm和Nuclei方案时肉瘤亚型间DEG的一致性。图S3。Warm和Cold方案引入的DEG偏差。图S4。测序性能的差异。图S5。基于ES偏差评分对样本类型进行分类。图S6。基于偏差评分对OS和DSRCT的样本类型进行分类。图S7。基于偏差评分对Neuroblastoma的样本类型进行分类。图S8。基因特征中与基因长度相关的偏差。图S9。整合从不同解离方法中恢复ES匹配的细胞状态。图S10。整合从不同解离方法中恢复DSRCT匹配的细胞状态。表S1。质控前后分析的细胞数量。表S2。从文献中整理的基因集，在PDX sa中分析

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 2.45 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.26593043.v1。

【主题与分类】

源站学科分类：Genetics。主题标签：RNA-seq、scRNA-seq、snRNA-seq、Single-cell、Ewing sarcoma、Desmoplastic small round cell tumor、Osteosarcoma。本站分类：肿瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Genetics。

【获取与许可】

源站页面：https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_1_of_Dissociation_protocols_used_for_sarcoma_tissues_bias_the_transcriptome_observed_in_single-cell_and_single-nucleus_RNA_sequencing/26593043

使用许可：CC BY + CC0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Truong, Danh D.; Lamhamedi-Cherradi, Salah-Eddine; Porter, Robert W.; Krishnan, Sandhya; Swaminathan, Jyothishmathi; Gibson, Amber; et al. (2023). Additional file 1 of Dissociation protocols used for sarcoma tissues bias the transcriptome observed in single-cell and single-nucleus RNA sequencing. fi…