HPV阴性HNSCC患者治疗前RNA-Seq样本数据
该数据集为28例HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的RNA-Seq数据，样本来自荷兰癌症研究所、VU医学中心及MAASTRO诊所，均为治疗（放化疗）前采集的活检组织，属于DESIGN项目前瞻性研究，采用polyA mRNA测序
基本信息
资源简介
HPV阴性HNSCC患者治疗前RNA-Seq样本数据
该数据集为28例HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的RNA-Seq数据。样本来自荷兰癌症研究所（阿姆斯特丹）、VU医学中心（阿姆斯特丹）及MAASTRO诊所（马斯特里赫特）接受治疗的患者，均为治疗（放化疗）前采集的活检组织，属于DESIGN项目前瞻性研究的一部分，采用polyA mRNA测序。数据集在分类上归入肿瘤/其他，主题标签为基因组学，来源站为omicsdi.org。以下依据可获得的信息对该数据集作进一步介绍。
【数据集背景】
头颈部鳞状细胞癌是头颈部常见的恶性肿瘤类型，其中HPV阴性患者与HPV阳性患者在生物学行为和治疗反应上存在差异，因此针对HPV阴性人群的分子层面研究具有独立价值。该数据集依托DESIGN项目的前瞻性研究设计，聚焦于接受放化疗的HPV阴性HNSCC患者，在治疗开始前采集肿瘤活检样本并进行转录组测序，为研究该人群治疗前的基因表达特征提供了数据基础。数据集的英文名称为aca9ecf3-25ad-4890-9d94-416c156eeb71 - samples，在来源站omicsdi.org上归入肿瘤/其他分类，主题标签为基因组学。
【数据内容】
该数据集的核心内容是28例HPV阴性HNSCC标本的RNA-Seq数据。测序采用polyA mRNA测序策略，即针对带有polyA尾的mRNA进行富集后测序，所获得的数据反映的是样本的基因表达信息。数据集以样本为单位组织，共包含28例标本对应的测序数据。除上述样本数量、癌种类型、HPV状态与测序策略外，源站未提供关于测序平台、读长、数据量、文件格式及表达定量结果等更细粒度的技术信息。
【采集与来源】
样本采集自荷兰的三家机构：荷兰癌症研究所（阿姆斯特丹）、VU医学中心（阿姆斯特丹）和MAASTRO诊所（马斯特里赫特）。采集对象为在上述机构接受治疗的HPV阴性HNSCC患者。所有活检样本均在治疗（放化疗）之前获取，属于DESIGN项目前瞻性研究框架内的样本采集。样本的采集时间点位于治疗前这一设计，使所得数据可用于刻画治疗开始时的肿瘤转录组状态。关于样本采集的具体操作规范、伦理审批信息及样本保存条件，源站未提供。
【适用场景】
基于其内容与设计，该数据集适用于HPV阴性头颈部鳞状细胞癌治疗前转录组特征的相关研究，例如分析该人群肿瘤样本中的基因表达模式、开展以治疗前状态为基线的分子分型探索，或作为HPV阴性HNSCC研究的对照与验证数据。由于样本来自前瞻性研究设计且统一为治疗前采集，数据也可用于与放化疗相关的转化研究中的基线表达分析。需要说明的是，上述适用方向系依据数据集的癌种、HPV状态、采样时点和测序类型所作的领域内一般性说明，源站未提供针对该数据集的具体应用案例或分析结论。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明，包括数据获取方式、访问权限设置、文件组织格式及配套的分析流程等。使用者需依据来源站omicsdi.org的相关页面信息自行确认获取途径与使用条件。
【质量与限制】
该数据集样本量为28例，属于规模相对有限的研究队列，在统计推断与结果外推时需考虑样本量带来的限制。所有样本均为HPV阴性且均来自治疗前活检，这一设计保证了人群与时间点的一致性，但也意味着数据不涵盖HPV阳性病例或治疗后的样本。测序策略为polyA mRNA测序，所反映的是带polyA尾的转录本信息。关于数据质量指标（如测序深度、比对率、样本间一致性等），源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者在引用或再利用该数据前，应通过来源站omicsdi.org核实相关的引用要求与使用许可条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005722
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自荷兰癌症研究所（阿姆斯特丹）、VU医疗中心（阿姆斯特丹）或MAASTRO诊所（马斯特里赫特）治疗的28例HPV阴性HNSCC标本的RNA-Seq数据。HNSCC活检样本是在治疗（放化疗）前获取的，用于DESIGN项目内的前瞻性研究，并用于polyA mRNA测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
