19q12 多态性内含子增强子驱动膀胱癌细胞中 CCNE1 表达
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/其他分类，主题标签为 Genomics。研究对膀胱癌细胞系中活跃调控元件标志物进行染色质免疫沉淀，以突出膀胱癌基因组特异的调控区域，并将该数据与其他公开数据集比较，寻找与膀胱相关遗传多态性重叠的新型膀胱特异性调控区域
基本信息
资源简介
19q12 多态性内含子增强子驱动膀胱癌细胞中 CCNE1 表达
该数据集英文名为“A polymorphic intronic enhancer at 19q12 drives CCNE1 expression in bladder cancer cells”，来源于 omicsdi.org，在站内归入肿瘤/其他分类，主题标签为 Genomics。其研究核心在于对膀胱癌细胞系中活跃调控元件的标志物进行染色质免疫沉淀，以突出膀胱癌基因组特异的调控区域，并将所得数据与其他公开数据集比较，从而识别与膀胱相关遗传多态性重叠的新型膀胱特异性调控区域。通过这一流程，研究确定了 CCNE1 基因内存在一个内含子增强子，该增强子能够结合 KLF5 并调节 CCNE1 的表达。整体而言，该数据集围绕膀胱癌中调控区域与遗传多态性的关联展开，属于肿瘤基因组学范畴，可为膀胱癌相关基因调控研究提供数据支持。
【数据集背景】
该数据集聚焦于膀胱癌细胞的基因调控机制。研究背景建立在膀胱癌基因组中可能存在特异性调控区域这一前提之上。为了识别这些区域，研究者针对活跃调控元件的标志物进行染色质免疫沉淀，目标是从膀胱癌细胞系中富集与活跃调控相关的基因组片段。随后，研究者将本数据集与其他公开可用的数据集进行比较，以发现新的、膀胱特异性的调控区域，并进一步筛选这些区域是否与膀胱相关的遗传多态性存在重叠。通过这一策略，研究最终定位到 CCNE1 基因内部的一个内含子增强子，并揭示其与 KLF5 的结合关系以及对 CCNE1 表达的调控作用。该数据集的主题标签为 Genomics，站内分类为肿瘤/其他，来源站为 omicsdi.org。
【数据内容】
该数据集的内容主要涉及膀胱癌细胞系中活跃调控元件的染色质免疫沉淀结果。具体而言，研究针对活跃调控元件的标志物进行免疫沉淀，以富集膀胱癌基因组中特异的调控区域。这些数据随后被用于与公开数据集比较，以识别新型的膀胱特异性调控区域。研究还关注这些调控区域是否与膀胱相关遗传多态性重叠。通过这一分析流程，数据集支持了对 CCNE1 基因内含子增强子的鉴定，并揭示了该增强子与 KLF5 的结合及其对 CCNE1 表达的调节作用。数据主题标签为 Genomics，属于肿瘤/其他分类。关于数据的具体样本数量、测序深度、文件格式、数据大小等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。研究采用染色质免疫沉淀技术，针对膀胱癌细胞系中活跃调控元件的标志物进行富集，以突出膀胱癌基因组特异的调控区域。随后，研究者将本数据集与其他公开可用的数据集进行比较，以识别与膀胱相关遗传多态性重叠的新型膀胱特异性调控区域。这一采集与分析流程最终指向 CCNE1 基因内含子增强子的发现。关于样本采集的具体细胞系名称、培养条件、抗体信息、实验重复次数等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于膀胱癌相关的基础与转化研究，尤其是涉及基因调控、增强子功能、转录因子结合以及遗传多态性功能注释的场景。具体而言，可用于分析膀胱癌细胞中活跃调控元件的分布，探索膀胱特异性调控区域，研究 CCNE1 基因的表达调控机制，以及考察 KLF5 对 CCNE1 表达的调节作用。此外，该数据集也可用于与其他公开数据集的比较分析，以识别新的膀胱特异性调控区域，并评估这些区域与膀胱相关遗传多态性的重叠情况。主题标签 Genomics 表明其适用于基因组学层面的研究。关于是否适用于临床诊断、预后评估或药物开发等具体应用，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取。在使用时，研究者可将其与其他公开数据集进行比较，以识别膀胱特异性调控区域。具体分析可包括：鉴定活跃调控元件富集区域，筛选与膀胱相关遗传多态性重叠的调控区域，以及评估 CCNE1 基因内含子增强子的功能。研究流程中涉及的染色质免疫沉淀数据可用于定位 KLF5 结合位点，并进一步分析其对 CCNE1 表达的调控作用。关于数据下载格式、预处理步骤、分析工具推荐等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于染色质免疫沉淀实验，针对活跃调控元件标志物进行富集，并与公开数据集比较，以识别膀胱特异性调控区域。研究最终确定了 CCNE1 基因内含子增强子与 KLF5 的结合及其对 CCNE1 表达的调节。然而，关于数据的质量控制指标、重复性、测序深度、覆盖度、假阳性率等具体质量信息，源站未提供。此外，该数据集可能受限于所用细胞系的数量和类型，以及公开数据集的比较范围。关于数据的具体限制和局限性，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的英文名称为“A polymorphic intronic enhancer at 19q12 drives CCNE1 expression in bladder cancer cells”，来源站为 omicsdi.org。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、版权信息等，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE75286
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们对膀胱癌细胞系中活性调控元件的标志物进行了染色质免疫沉淀，以突出膀胱癌基因组特有的调控区域。随后，我们将自己的数据集与其他公开可用的数据集进行比较，以识别任何新颖的、膀胱特异性的调控区域，这些区域同时也与膀胱相关的遗传性多态性重叠。通过这一方法，我们确定CCNE1基因内存在一个内含子增强子，它能结合KLF5并调节CCNE1的表达。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
