可切除食管/胃食管结合部癌新辅助免疫联合放化疗的循环肿瘤DNA与病理免疫应答研究样本
该数据集来自一项关于可切除食管/胃食管结合部癌患者接受含免疫治疗方案的 study，包含 32 名个体的血浆游离 DNA 及匹配白细胞 DNA 的 173 个 BAM 文件，采用杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq）生成
基本信息
资源简介
可切除食管/胃食管结合部癌新辅助免疫联合放化疗的循环肿瘤DNA与病理免疫应答研究样本
该数据集对应一项关于可切除食管/胃食管结合部癌的临床研究，研究对象接受含免疫治疗方案，具体涉及新辅助纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合瑞拉利单抗并同步放化疗后，对循环肿瘤 DNA、病理反应与免疫反应的关联分析。数据集共包含 173 个 BAM 文件，来自 32 名食管/胃食管结合部癌患者的血浆游离 DNA 及匹配的白细胞 DNA，测序采用杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq）技术生成。数据归类于肿瘤/其他方向，主题标签为基因组学，来源站为 omicsdi.org。该数据集可用于考察接受免疫治疗方案的食管/胃食管结合部癌患者的循环肿瘤 DNA 特征，并为病理与免疫反应相关研究提供原始测序层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集服务于一项针对可切除食管/胃食管结合部癌的研究。研究关注患者在接受含免疫治疗方案——新辅助纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合瑞拉利单抗，并联合放化疗——之后，循环肿瘤 DNA 的变化与病理反应、免疫反应之间的关系。此类研究通常需要将血浆中的游离 DNA 与个体匹配的白细胞 DNA 进行对照，以区分肿瘤来源的信号与胚系背景，因此数据集在样本设计上同时纳入了血浆游离 DNA 和匹配白细胞 DNA 两类材料。数据集所属分类为肿瘤/其他，主题标签为基因组学，来源站为 omicsdi.org。
【数据内容】
数据集共包含 173 个 BAM 文件。这些文件由杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq）生成，测序材料包括 32 名食管/胃食管结合部癌患者的血浆游离 DNA 以及与之匹配的白细胞 DNA。BAM 文件属于测序比对结果层面的数据，可用于后续的变异识别、循环肿瘤 DNA 信号分析等基因组学处理。数据覆盖 32 名接受含免疫治疗方案个体的样本，样本类型明确为血浆游离 DNA 与匹配白细胞 DNA 两类。除上述文件数量、样本数量、样本类型与测序方法外，源站未提供更细的字段结构、文件大小或单个样本的测序深度等信息。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。样本采集自 32 名食管/胃食管结合部癌患者，这些患者接受了含免疫治疗方案的 regimen，即新辅助纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合瑞拉利单抗并联合放化疗。测序在杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq）平台上完成，测序材料为血浆游离 DNA 及匹配的白细胞 DNA。关于样本采集时间点、随访安排、伦理审批与知情同意等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与食管/胃食管结合部癌免疫治疗相关的基因组学研究，尤其是围绕循环肿瘤 DNA 的分析，例如利用血浆游离 DNA 与匹配白细胞 DNA 的对照来识别肿瘤来源的变异信号，或结合研究的病理与免疫反应终点开展探索性分析。主题标签为基因组学，因此也可作为肿瘤基因组学方法学研究的输入数据。需要说明的是，具体分析类型与适用范围应以源站描述为准，源站未提供更详细的适用建议。
【使用方法】
使用时可从 173 个 BAM 文件入手，按个体区分血浆游离 DNA 与匹配白细胞 DNA 样本，开展比对结果层面的处理与下游分析。由于数据采用杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq）生成，分析流程应考虑该测序方法的特点。关于参考基因组版本、比对工具、变异调用流程及推荐参数等，源站未提供。
【质量与限制】
数据集包含 32 名个体的 173 个 BAM 文件，样本类型与测序方法在源站描述中已明确。源站未提供测序质量指标、覆盖度、重复率、污染评估等质量控制信息，也未提供数据缺失情况说明。数据集仅覆盖食管/胃食管结合部癌接受含免疫治疗方案的患者，样本量与癌种范围有限，外推至其他癌种或其他治疗方案时需谨慎。源站未提供其他限制说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001011822
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究“可切除食管/胃食管结合部癌中新辅助纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合瑞拉利单抗及放化疗的循环肿瘤DNA、病理学及免疫学应答”的数据集包含173个bam文件，这些文件来自杂交捕获靶向纠错下一代测序（TEC-Seq），测序样本为32例接受含免疫治疗方案治疗的食管/胃食管结合部癌患者的血浆游离DNA及配对外周血白细胞DNA。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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