食管肿瘤-正常配对样本全基因组测序数据

资源简介

食管肿瘤-正常配对样本全基因组测序数据

该数据集收录了十对匹配的食管肿瘤与正常样本的全基因组测序数据，采用Illumina HiSeq2000测序平台完成，测序工作由CG的癌症测序服务承担，平均读深约为50倍。数据以全基因组测序（WGS）方式产生，能够覆盖肿瘤与配对正常组织之间的基因组差异信息，属于肿瘤基因组学研究范畴。数据集在分类上归入肿瘤/其他类别，主题标签为基因组学（Genomics），来源站为omicsdi.org。整体而言，该数据集为食管癌的体细胞突变、拷贝数变异及结构变异等基因组层面研究提供了配对样本的测序基础，适合开展肿瘤与正常组织间的比较分析。

【数据集背景】

食管癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一，其发生发展涉及复杂的基因组改变。全基因组测序能够在全基因组范围内检测点突变、插入缺失、拷贝数变化和结构重排等多种变异类型，是研究肿瘤基因组特征的重要手段。该数据集正是围绕食管肿瘤展开的配对测序工作，通过同时测定肿瘤组织与匹配正常组织的全基因组序列，为识别肿瘤特异的体细胞变异提供基础。数据集主题标签为基因组学，本站分类归入肿瘤/其他，来源站为omicsdi.org。

【数据内容】

该数据集包含十对匹配的食管肿瘤-正常样本的全基因组测序数据，即每一例肿瘤样本均配有来自同一患者的正常样本。测序类型为全基因组测序（WGS），覆盖整个基因组范围而非局限于外显子区域。样本数量为十对配对样本，测序平均读深约为50倍。数据的具体文件格式、单个样本的数据量、变异检出结果列表等信息，源站未提供。

【采集与来源】

测序工作由CG的癌症测序服务完成，使用的测序仪器为Illumina HiSeq2000。样本类型为食管肿瘤组织及其匹配的正常组织，配对设计使得后续分析可以区分胚系变异与体细胞变异。数据来源站为omicsdi.org。关于样本采集地点、患者临床信息、伦理审批及知情同意等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于配对肿瘤-正常全基因组测序数据，该数据集可用于食管癌体细胞突变谱的识别、拷贝数变异的检测、结构变异的探索，以及肿瘤与正常组织间基因组差异的比较分析。约50倍的平均读深为变异检出提供了相应的覆盖深度基础。此外，数据也可用于基因组变异检测流程的验证与评估。关于该数据集是否已用于特定研究或发表相关成果，源站未提供。

【使用方法】

使用者可基于配对设计，将每例肿瘤样本的测序数据与其对应正常样本进行联合分析，以区分体细胞变异与胚系变异。分析内容可涵盖序列比对、变异检测、拷贝数分析等常规全基因组分析步骤。数据的具体下载方式、访问地址、文件组织结构和配套分析工具等信息，源站未提供。

【质量与限制】

测序由Illumina HiSeq2000平台完成，平均读深约为50倍，属于全基因组测序的常规覆盖水平。数据集仅包含十对配对样本，样本量有限。关于数据质量评估指标（如碱基质量值、比对率、重复率等）、样本纳入排除标准及潜在批次效应等信息，源站未提供。使用时应结合具体分析目的评估数据适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、发表文献、数据使用许可及访问限制等信息，源站未提供。