患者来源原位异种移植室管膜瘤模型样本

资源简介

患者来源原位异种移植室管膜瘤模型样本

本数据集收录于 omicsdi.org，主题标签为 Genomics，本站分类归入肿瘤 / 其他。其内容围绕患者来源原位异种移植（PDOX）小鼠模型展开，该模型针对后颅窝 A 型室管膜瘤（PFA EPN），来源于一处转移性颅内部病灶。相关研究由 Whitehouse 等人于 2023 年发表在 Frontiers in Oncology，题为 In Vivo Loss of Tumorigenicity in a Patient-Derived Orthotopic Xenograft Mouse Model of Ependymoma。数据集包含全基因组测序（WSG）数据，采用双端测序策略，对应种系 DNA、手术样本 4（即上述论文中描述的 PFA 室管膜瘤颅脑转移灶）以及由该患者来源的异种移植样本，可用于比较患者肿瘤与 PDOX 模型之间的基因组特征。

【数据集背景】

室管膜瘤是中枢神经系统的一类肿瘤，后颅窝 A 型（PFA）是其分子亚型之一。患者来源原位异种移植（PDOX）模型通过将患者肿瘤组织移植到免疫缺陷小鼠的相应解剖位置，力图在体内环境中保留原发肿瘤的组织学和分子特征，因而常被用于肿瘤生物学研究与治疗策略评估。本数据集所依托的研究描述了从一处转移性颅内部病灶建立 PFA EPN 的 PDOX 模型，并对患者肿瘤与 PDOX 肿瘤进行了 RNA 测序分析。此处提供的全基因组测序数据则进一步覆盖种系 DNA、手术样本 4 以及患者来源异种移植样本，为在基因组层面考察模型与原发/转移肿瘤之间的关系提供了材料。

【数据内容】

数据集包含全基因组测序（WSG）数据，测序方式为双端（paired end）。样本类型包括三类：种系 DNA、手术样本 4（论文中描述为 PFA 室管膜瘤的颅脑转移灶），以及由该患者来源的异种移植样本。除上述样本构成与测序策略外，源站未提供关于数据文件数量、数据量大小、测序深度、覆盖度、变异检出结果或具体分析结论的进一步信息。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org。原始研究为 Whitehouse 等人 2023 年发表于 Frontiers in Oncology 的论文，题为 In Vivo Loss of Tumorigenicity in a Patient-Derived Orthotopic Xenograft Mouse Model of Ependymoma。样本涉及一名患者来源的 PFA 室管膜瘤颅脑转移灶（手术样本 4）、该患者的种系 DNA，以及由此建立的 PDOX 模型样本。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息及处理流程，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集可用于围绕 PFA 室管膜瘤 PDOX 模型的基因组层面研究，例如比较患者种系 DNA、患者转移灶肿瘤样本与患者来源异种移植样本之间的全基因组测序特征。由于数据同时涵盖种系与肿瘤/移植样本，也可服务于需要区分胚系背景与肿瘤相关变化的分析场景。此外，该数据与同一研究中的 RNA 测序分析相配套，可用于多组学层面的模型评估。关于更具体的适用分析类型或推荐工具，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供关于数据下载方式、文件格式、预处理流程、比对参考基因组版本或分析管线的具体说明。使用者需依据源站提供的原始条目获取数据，并自行确认样本对应关系与测序数据处理要求。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量指标、测序深度、覆盖均一性、样本重复数或潜在批次效应的信息。该数据集基于单一患者来源的样本，其结论的外推范围受限于原始研究设计；关于模型保真度、肿瘤igenicity 变化等具体结论，应以原始论文为准，源站描述中未给出可量化的质量评估。

【引用与许可】

原始研究引用为 Whitehouse et al. 2023, Frontiers in Oncology，标题为 In Vivo Loss of Tumorigenicity in a Patient-Derived Orthotopic Xenograft Mouse Model of Ependymoma。关于数据使用许可、访问限制或再分发条款，源站未提供。