基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-28

资源简介

食管腺癌及Barrett食管患者RNA测序数据集

该数据集是一个面向食管腺癌及其癌前病变研究的RNA测序资源库，收录自omicsdi.org，数据集标识为135f4f3b-a456-48a0-a679-489ed4fdcbf8 - samples，在本站归入肿瘤/其他分类，主题标签为Genomics。数据集来源于17名被诊断为食管腺癌、高级别异型增生或非异型增生Barrett食管的患者，同时覆盖编码RNA与非编码RNA两个层面。每位患者均采集了血浆样本、健康食管组织样本和病变组织样本，全部样本均进行了mRNA与小RNA测序，原始数据以fastq.gz文件形式提供。整体来看，该数据集共包含51份样本、102个RNA-seq文库，其中血浆mRNA文库进行了两次测序，为食管腺癌发生发展相关的转录组研究提供了较为系统的多类型样本资源。

【数据集背景】

食管腺癌通常起源于Barrett食管，后者是一种与反流相关的癌前病变，可进一步进展为高级别异型增生乃至浸润性癌。理解这一从非异型增生、高级别异型增生到食管腺癌的连续过程在转录组层面的变化，对于揭示疾病进展机制和寻找潜在标志物具有重要意义。该数据集正是围绕这一临床问题构建，纳入17名处于上述不同疾病阶段的患者，通过同时获取血浆与食管组织样本，支持对循环RNA与组织局部RNA进行对照分析。数据集主题标签为Genomics，属于基因组学范畴的测序数据资源。

【数据内容】

数据集包含编码RNA（mRNA）和非编码RNA（小RNA）两类测序数据，全部以fastq.gz格式的原始测序文件提供。样本类型包括血浆样本与组织样本，其中组织样本又分为健康食管组织和病变组织。按源站描述，共对51份样本（17份血浆样本和34份组织样本）进行了测序，合计产生102个RNA-seq文库；血浆mRNA文库被测序两次，这是文库数多于样本对应关系的原因。数据覆盖每位患者的血浆、健康食管组织与病变组织三类材料，便于在同一个体内部开展配对比较。

【采集与来源】

样本来自17名确诊为食管腺癌、高级别异型增生或非异型增生Barrett食管的患者。每位患者采集一份血浆样本、一份健康食管组织样本和一份病变组织样本。数据集通过omicsdi.org发布，本站分类为肿瘤/其他。除上述来源与样本采集信息外，源站未提供更详细的采集时间、采集机构与伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集可用于食管腺癌及Barrett食管相关病变的转录组分析，例如比较病变组织与健康食管组织之间的mRNA和小RNA表达差异，探索高级别异型增生与非异型增生Barrett食管之间的分子特征差异，以及考察血浆循环RNA与组织RNA之间的对应关系。由于同时包含编码RNA与非编码RNA数据，也适合开展小RNA调控相关的探索性研究。此外，配对设计的样本结构支持个体内对照分析，可用于候选标志物的初步筛选与验证性研究。

【使用方法】

使用者可基于fastq.gz原始文件开展常规RNA-seq分析流程，包括质量控制、比对、定量与差异表达分析等；针对小RNA数据需采用相应的小RNA分析流程。由于血浆mRNA文库存在两次测序的情况，在合并或比较时应留意文库与样本之间的对应关系，避免重复计数。分析中可将同一患者的血浆、健康组织与病变组织作为配对样本处理，以控制个体间差异。源站未提供具体的分析流程、参考基因组版本与数据处理参数。

【质量与限制】

该数据集的样本量有限，共17名患者、51份样本，疾病阶段覆盖食管腺癌、高级别异型增生和非异型增生Barrett食管，但各阶段的具体人数分布源站未提供。血浆mRNA文库重复测序的情况需要在分析设计中加以考虑。关于测序深度、读长、数据质量评估结果、批次信息及缺失情况，源站未提供。使用者在解释结果时应结合样本量与疾病阶段的构成谨慎推断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006857

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006857

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

一个全面的RNA库（包括编码和非编码RNA），来自17名被诊断为食管腺癌、高级别不典型增生或非不典型增生巴雷特食管的患者。每位患者采集了血浆样本以及健康食管组织和病变组织样本。该数据集包含所有组织和血浆样本的mRNA和小RNA测序数据（fastq.gz文件）。总共对来自51个样本（17个血浆样本和34个组织样本）的102个RNA-seq文库进行了测序（血浆mRNA文库测序了两次）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别