多发性骨髓瘤基因表达谱公开数据集

这是多发性骨髓瘤领域最经典的基因芯片数据集(GSE2658),基于Affymetrix平台获取。由University of Arkansas for Medical Sciences提供,来自Gene Expression Omnibus,数据格式为表格,包含559条数据记录,适用于分类任务,许可证为Open Data Commons。

University of Arkansas for Medical SciencesUniversity of Arkansas for Medical Sciences
Gene Expression Omnibus
2020-02-14 更新
浏览 12
表格分类Expression profiling by arrayGPL5709606
Multiple Myeloma Gene Expression Profiling (GSE2658)

基本信息

模态
表格
大小
0.8 GB
数据量
559
任务类型
分类
许可
Open Data Commons
创建/更新时间
2020-02-14

资源简介

多发性骨髓瘤基因表达谱公开数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Gene Expression Profiles of Multiple Myeloma》。源站首次发布:May 13 200。

【数据内容】

源站原始描述:Samples in this series are pre-treatment bone marrow aspirates from multiple myeloma patients

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by array、GPL570、9606。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2658

【使用注意】

· 源站最后修改于 Feb 16 202,引用时请注意版本时效。

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源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2658

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 0.80 GB。

数据说明

这是多发性骨髓瘤领域最经典的基因芯片数据集(GSE2658),基于Affymetrix平台获取。包含了数百例接受总治疗程序的多发性骨髓瘤患者的分子特征,广泛用于构建预后风险评估模型(如UAMS 70基因特征)。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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