多发性骨髓瘤修饰的3T3-L1脂肪细胞异常基因表达谱[实验1]
该数据集来自NCBI GEO,比较小鼠3T3-L1脂肪细胞在成脂分化7天后、有无暴露于MM.1S多发性骨髓瘤细胞条件下的基因表达差异,采用表达谱芯片平台GPL23038,物种为小鼠(10090),共1个文件(GSE143267_series_matrix.txt.gz)
![GSE143267: Myeloma-modified 3T3-L1 adipocytes exhibit aberrant gene expression profiles [experiment 1]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/140350.jpg)
基本信息
资源简介
多发性骨髓瘤修饰的3T3-L1脂肪细胞异常基因表达谱[实验1]
GSE143267 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集,全称为“Myeloma-modified 3T3-L1 adipocytes exhibit aberrant gene expression profiles [experiment 1]”,属于肿瘤 / 多发性骨髓瘤分类。该数据集围绕小鼠 3T3-L1 脂肪细胞展开,比较其在成脂分化 7 天后、有无暴露于 MM.1S 多发性骨髓瘤细胞条件下的基因表达差异,采用表达谱芯片平台 GPL23038,物种为小鼠(10090)。数据集共包含 1 个文件,即 GSE143267_series_matrix.txt.gz,由 Heather F. Campbell 提交,发布时间为 Jan 07 202,主题标签涵盖表达谱芯片分析相关内容。
【数据集背景】
多发性骨髓瘤是一种血液系统恶性肿瘤,骨髓微环境中的脂肪细胞与肿瘤细胞之间存在相互作用。该数据集关注的核心问题是:当小鼠 3T3-L1 脂肪细胞在成脂分化过程中暴露于 MM.1S 多发性骨髓瘤细胞后,其基因表达谱是否发生异常改变。源站描述指出,研究比较了成脂分化 7 天后、有无暴露于 MM.1S 骨髓瘤细胞的小鼠 3T3-L1 脂肪细胞的基因表达,旨在刻画骨髓瘤细胞对脂肪细胞转录状态的影响。该数据集即为该研究中的 experiment 1。
【数据内容】
数据集包含 1 个数据文件,文件名为 GSE143267_series_matrix.txt.gz,为 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。该文件以系列矩阵形式组织,通常包含样本层面的表达测量值及相关注释信息。数据集采用表达谱芯片平台 GPL23038,物种为小鼠(10090),主题标签包括 Expression profiling by array。样本分组对应有无暴露于 MM.1S 多发性骨髓瘤细胞两种条件,比较时间点为成脂分化 7 天后。具体的样本数量、探针数量、表达值范围等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI GEO 数据库,源站标题与数据集英文名一致。数据由 Heather F. Campbell 提交,发布时间为 Jan 07 202。实验对象为小鼠 3T3-L1 脂肪细胞,处理条件为成脂分化 7 天后有无暴露于 MM.1S 多发性骨髓瘤细胞。检测平台为 GPL23038 表达谱芯片。关于实验重复数、培养条件、RNA 提取与杂交实验的具体流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究骨髓瘤微环境中脂肪细胞转录组改变的场景,可用于比较暴露与未暴露于 MM.1S 细胞的小鼠 3T3-L1 脂肪细胞在成脂分化 7 天后的基因表达差异,识别差异表达基因,并探索骨髓瘤细胞影响脂肪细胞功能的潜在分子机制。也可作为表达谱芯片数据分析流程的练习数据,用于验证从 GZIP 压缩的系列矩阵文件读取、样本分组核对到差异分析的处理链路。由于物种为小鼠、平台为 GPL23038,使用时应确保分析流程与平台注释相匹配。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE143267_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本分组、探针标识与表达值编码无误后,再批量接入完整数据。分析时可依据有无暴露于 MM.1S 细胞的分组信息进行组间比较,并结合 GPL23038 平台注释将探针映射到基因。具体的分组标签、注释文件与预处理参数,源站未提供,需以实际文件内容为准。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,样本数量、重复设置与统计功效等信息源站未提供,使用前应自行核查数据完整性与分组均衡性。数据集为表达谱芯片数据,其定量范围与灵敏度受平台特性影响;物种为小鼠,结论外推到人类多发性骨髓瘤微环境时需谨慎。发布时间标注为 Jan 07 202,年份信息不完整,引用时应以源站记录为准。此外,实验仅涉及 MM.1S 一种骨髓瘤细胞系与 3T3-L1 一种脂肪细胞模型,结论的普适性有限。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Heather F. Campbell,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集标识为 GSE143267。使用或引用时应遵循 NCBI GEO 的相关使用条款与数据提供方的要求。具体的许可协议、引用格式与使用限制,源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE143267
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本文比较了小鼠3T3-L1脂肪细胞在成脂分化7天后,暴露于MM.1S骨髓瘤细胞与未暴露条件下的基因表达。采用微阵列分析比较了分化前(48小时)或分化后(72小时)暴露于MM.1S细胞后的成脂基因表达。
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