MCC样本来源MCPyV序列与参考JN707599的变异比较数据集
该数据集以表格形式记录了默克尔细胞癌样本中默克尔细胞多瘤病毒基因组序列与参考序列的变异比较结果,包含大规模重排、缺失以及小片段插入缺失和单核苷酸多态性等基因模态数据,主要用于研究病毒在肿瘤中的基因组变异特征、整合机制及其在癌症发生发展过程中的演化规律。

基本信息
资源简介
MCC样本来源MCPyV序列与参考JN707599的变异比较数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Variants in MCC sample derived MCPyV sequences compared to reference JN707599 obtained by capture sequencing.》。源站首次发布:2020-08-24。
【数据内容】
源站原始描述:The upper panel contains larger rearrangements and deletions. The lower panel contains small indels as well as SNPs. Blue fields indicate variants that occur in >99% of reads. Orange fields contain variants present in a subset of reads. (XLSX)
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 18.92 KB。ppat.1008562.s009.xlsx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet,18.92 KB。数据集 DOI:10.1371/journal.ppat.1008562.s009。
【主题与分类】
源站学科分类:Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Evolutionary Biology、Environmental Sciences not elsewhere classified。主题标签:microhomology-mediated break-induce...、MCPyV、MCC cell lines、Merkel Cell Carcinomas、integration patterns、Merkel Cell Carcinoma、MMBIR、mechanisms Merkel Cell Polyomavirus、oncogenic DNA viruses、integration site structure。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Evolutionary Biology、Environmental Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/Variants_in_MCC_sample_derived_MCPyV_sequences_compared_to_reference_JN707599_obtained_by_capture_sequencing_/12857135
使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。
规范引用:Czech-Sioli, Manja; Günther, Thomas; Therre, Marlin; Spohn, Michael; Indenbirken, Daniela; Theiss, Juliane; et al. (2020). Variants in MCC sample derived MCPyV sequences compared to reference JN707599 obtained by capture sequencing.. PLOS Pathogens. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-05,引用时请注意版本时效。
下载信息
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暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取(Figshare)
按页面 Download 按钮获取。
数据说明
该数据集记录了通过捕获测序技术获得的默克尔细胞癌(MCC)样本中默克尔细胞多瘤病毒(MCPyV)序列与参考序列JN707599的变异比较结果。数据集包含两个主要部分:上半部分展示较大规模的重排和缺失变异,下半部分记录小片段插入缺失(indels)以及单核苷酸多态性(SNPs)。数据中蓝色字段表示在超过99%的读数中出现的变异,橙色字段表示仅出现在部分读数中的变异。该数据集以XLSX格式存储,主要用于研究MCPyV病毒在默克尔细胞癌中的基因组变异特征、病毒整合机制以及肿瘤发生发展过程中的病毒演化规律。
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