默克尔细胞癌免疫治疗响应单细胞RNA测序数据集

本数据集收集了接受抗PD-1/PD-L1免疫治疗前后默克尔细胞癌患者的单细胞转录组(scRNA-seq)数据,用于绘制肿瘤微环境及浸润T细胞的动态图谱。由Gene Expression Omnibus提供,来自Gene Expression Omnibus,数据格式为表格,包含14条数据记录,适用于分类任务,许可证为Open Data Commons。

Gene Expression OmnibusGene Expression Omnibus
Gene Expression Omnibus
2021-08-30 更新
浏览 27
表格分类GPL111549606
Single-cell RNA-seq of Merkel Cell Carcinoma undergoing Immunotherapy

基本信息

模态
表格
大小
8.2 GB
数据量
14
任务类型
分类
许可
Open Data Commons
创建/更新时间
2021-08-30

资源简介

默克尔细胞癌免疫治疗响应单细胞RNA测序数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Single cell characterization of arrested B-lymphoid differentiation and leukemic cell states in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia》。源站首次发布:Apr 07 202。

【数据内容】

源站原始描述:Arrested bone marrow (BM) lymphoid cell differentiation underlies the emergence of the most common childhood cancer, acute lymphoblastic leukemia (ALL). Recurrent genetic lesions often directly involve transcription factors (TFs), such as ETV6 and RUNX1 found in the most common ALL translocation. Here, we studied differential gene expression in ETV6-RUNX1 primary ALL samples and the REH cell line using single cell RNA-seq (scRNA-seq)

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by high throughput sequencing、GPL11154、9606。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148218

【使用注意】

· 源站最后修改于 Nov 18 202,引用时请注意版本时效。

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源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148218

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 8.20 GB。

数据说明

本数据集收集了接受抗PD-1/PD-L1免疫治疗前后默克尔细胞癌患者的单细胞转录组(scRNA-seq)数据,用于绘制肿瘤微环境及浸润T细胞的动态图谱。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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