空间药理学多组学揭示髓母细胞瘤中的药物分布、代谢生态位和空间受限的耐药性

数据集获取

源站：https://researchdata.edu.au/spatial-pharmaco-multiomics-resistance-medulloblastoma/3952859

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含针对Sonic Hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）的同一组织切片空间药理学多组学研究生成的原始空间多组学数据。数据集整合了基于基质辅助激光解吸/电离质谱成像（MALDI-MSI）的空间代谢组学、10x Genomics Visium全转录组空间分析以及10x Genomics Xenium高分辨率原位转录组学数据，所有数据均来自同一组织学切片。样本包括经CDK4/6抑制剂帕博西尼处理的SHH-MB患者来源原位异种移植（PDOX）小鼠肿瘤，以及注明的人类原发性SHH-MB肿瘤标本。MALDI-MSI数据捕获了帕博西尼和内源性代谢物在肿瘤主体、肿瘤-脑界面和血管周围区域的空间分布；Visium数据提供了与组织学背景对齐的空间分辨全转录组表达谱；Xenium数据则提供了选定基因组的单细胞尺度空间转录组图谱，实现肿瘤、基质和血管区室的高分辨率表征。原始数据文件包括：1. 正离子模式下获取的MALDI-MSI原始光谱和成像文件；2. Visium原始测序文件（FASTQ）及相关空间元数据；3. Xenium原始输出文件。该数据集支持独立重新分析SHH-MB内的空间药物渗透、代谢景观、转录程序和耐药状态，并促进集成同一切片空间药理学多组学框架的可重复性研究。

数据加载示例（表格/文本类）

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))