MPNST甲基化分型数据集

该 GEO 数据集包含 108 例周围神经鞘瘤谱系样本的 Illumina MethylationEPIC 甲基化数据,用于识别 MPNST 表观遗传亚型。由University Health Network提供,来自Gene Expression Omnibus,数据格式为表格,适用于分类任务,专注于肿瘤领域的恶性周围神经鞘膜瘤(MPNST)研究。

University Health NetworkUniversity Health Network
Gene Expression Omnibus
2023-04-05 更新
浏览 46
表格分类Methylation profiling by arrayGPL211459606
GSE207207

基本信息

模态
表格
大小
2.135757005 GB
数据量
108
任务类型
分类
创建/更新时间
2023-04-05

资源简介

MPNST甲基化分型数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Malignant Peripheral Nerve Sheath Tumors are Comprised of Two Epigenetic Subgroups with Distinct Molecular Landscapes, Outcomes and Therapeutic Targets: Methylation Samples》。源站首次发布:Jun 29 202。

【数据内容】

源站原始描述:We focused on studying the methylation signature of the spectrum of PNSTs to develop a methylome-based classification of these common tumors. We studied the genome-wide DNA methylation patterns using the Illumina MethylationEPIC array

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Methylation profiling by array、GPL21145、9606。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE207207

【使用注意】

· 源站最后修改于 Apr 05 202,引用时请注意版本时效。

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源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE207207

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该 GEO 数据集包含 108 例周围神经鞘瘤谱系样本的 Illumina MethylationEPIC 甲基化数据,用于识别 MPNST 表观遗传亚型。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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