基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

CaClust：利用BCR与外显子变异关联滤泡性淋巴瘤基因型与转录异质性（K6B）

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1060612，英文名称为 PRJNA1060612: CaClust: linking genotype to transcriptional heterogeneity of follicular lymphoma using BCR and exomic variants (K6B)。从名称可以看出，其研究主题为 CaClust，目标是将 BCR 与外显子变异信息相结合，用于关联滤泡性淋巴瘤的基因型与转录异质性，样本标识为 K6B。该数据集在分类上属于肿瘤 / 淋巴瘤方向，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据集合，通常围绕某一项单一研究计划组织，来源于一个机构或一个联盟，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为 Other。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 1060612，标题指向 CaClust 这一研究主题。其核心关注点在于滤泡性淋巴瘤中基因型与转录异质性之间的关联，并明确引入 BCR 与外显子变异两类信息作为连接手段。滤泡性淋巴瘤属于淋巴瘤的一种，因此该数据集被归入肿瘤 / 淋巴瘤分类。样本标识 K6B 出现在数据集名称中，表明该数据集围绕特定样本或样本标识展开。BioProject 的定位是围绕单一研究计划汇集生物数据，这些数据可能来自一个机构或一个联盟，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。因此，该数据集并非单一类型的数据文件，而是一个项目级记录，用于组织与 CaClust 相关的生物数据。

【数据内容】

该数据集的主题为 CaClust，旨在利用 BCR 与外显子变异关联滤泡性淋巴瘤的基因型与转录异质性。名称中包含 BCR 与外显子变异，说明数据内容涉及这两类变异信息，并与转录异质性建立关联。样本标识为 K6B。除上述信息外，源站未提供更具体的数据内容描述，例如具体的文件类型、数据量、样本数量、变异位点数量、转录组数据形式等。该数据集的主题标签为 Other，未提供更细分的主题标签。其分类为肿瘤 / 淋巴瘤，表明其应用领域与肿瘤学中的淋巴瘤研究相关。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“CaClust: linking genotype to transcriptional heter... (ID 1060612) - BioProject - NCBI”。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合，来源于一个机构或一个联盟，BioProject 记录为用户提供单一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集编号为 1060612，样本标识为 K6B。除这些来源信息外，源站未提供具体的采集方法、采集时间、采集地点、机构名称、联盟名称或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于与滤泡性淋巴瘤相关的基因型与转录异质性关联研究，尤其是利用 BCR 与外显子变异进行关联分析的场景。其分类为肿瘤 / 淋巴瘤，因此可用于肿瘤学、淋巴瘤研究领域。由于主题为 CaClust，且涉及 BCR 与外显子变异，可能适用于探索 BCR 特征与外显子变异如何共同关联转录异质性的研究。样本标识 K6B 可用于识别特定样本。除上述方向外，源站未提供更具体的适用场景说明，例如是否适用于临床诊断、药物开发、生物标志物发现等。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，编号 1060612。用户可通过 NCBI BioProject 入口查找该项目所链接的多种数据类型。源站描述表明，BioProject 记录提供单一入口，以便用户找到该项目产生的不同数据类型。因此，使用方法应围绕通过 BioProject 编号 1060612 访问相关数据展开。除这一通用访问方式外，源站未提供具体的使用方法、分析流程、软件工具、数据处理步骤或代码示例。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于项目级记录。源站未提供具体的质量控制指标、数据完整性评估、批次信息、测序深度、覆盖度、样本纳入排除标准或验证结果。其主题标签为 Other，未提供更细分的标签。该数据集名称中包含样本标识 K6B，但源站未提供该样本的具体特征、数量或代表性说明。因此，在使用时需注意源站未提供质量与限制方面的详细信息。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策。该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，编号为 1060612，英文名称为 PRJNA1060612: CaClust: linking genotype to transcriptional heterogeneity of follicular lymphoma using BCR and exomic variants (K6B)。除这些标识信息外，源站未提供具体的引用格式或许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1060612

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1060612

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤表现出高度的基因型和转录异质性。两者均影响癌症进展和治疗，但在滤泡性淋巴瘤中此前主要被分别研究。为全面探究滤泡性淋巴瘤的演化及基因型-表型映射，我们提出CaClust——一种概率图模型，整合深度全外显子、单细胞RNA及B细胞受体测序数据，以推断克隆基因型、细胞到克隆的映射以及单细胞基因分型。CaClust在模拟和患者数据上优于当前最先进的模型。对四个样本单细胞的深入分析展示了驱动突变效应、滤泡性淋巴瘤演化、可能的治疗靶点，以及单细胞基因分型与独立靶向重测序实验的一致性。总体设计：数据集K6B：对经流式细胞术纯化的滤泡性淋巴瘤细胞进行10X Genomics，5’化学，全转录组和BCR富集；对sc cDNA样本中选定基因进行靶向扩增，并进行全长单分子PacBio测序

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别