phs000801:NCI 非霍奇金淋巴瘤 GWAS

该数据集为 NCBI dbGaP 收录的 phs000801 研究,即 NCI 非霍奇金淋巴瘤 GWAS,属于肿瘤与淋巴瘤领域

dbgap
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基因组分类Cohort, Case-Control, Case Set
phs000801: NCI Non-Hodgkin Lymphoma GWAS

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

phs000801:NCI 非霍奇金淋巴瘤 GWAS

phs000801 即 NCI Non-Hodgkin Lymphoma GWAS,是收录于 NCBI dbGaP 的一项研究数据集,本站将其归入肿瘤 / 淋巴瘤分类。该研究以非霍奇金淋巴瘤为研究对象,采用全基因组关联分析(GWAS)的研究设计,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从源站描述来看,该研究属于 dbGaP study,涵盖队列(Cohort)、病例对照(Case-Control)以及病例集(Case Set)等设计类型,主题标签同样包括 Cohort、Case-Control 与 Case Set。整体而言,该数据集面向肿瘤与淋巴瘤领域,为非霍奇金淋巴瘤的遗传关联研究提供了可获取的数据资源,适合关注该疾病遗传基础的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应的研究编号为 phs000801,英文名称为 NCI Non-Hodgkin Lymphoma GWAS,由美国国家癌症研究所(NCI)相关研究产生,并作为 dbGaP study 被 NCBI 收录。非霍奇金淋巴瘤是一组异质性较强的淋巴系统恶性肿瘤,其发病机制涉及遗传易感性等多方面因素。全基因组关联分析(GWAS)是研究复杂疾病遗传基础的常用策略,通过在群体水平上比较病例与对照的基因组变异分布,寻找与疾病风险相关的位点。该研究正是围绕非霍奇金淋巴瘤开展的 GWAS 工作,本站将其分类为肿瘤 / 淋巴瘤,主题标签涵盖 Cohort、Case-Control 与 Case Set,反映出该研究在样本组织上采用了多种设计形式。

【数据内容】

根据源站描述,该数据集属于 dbGaP study,其研究设计类型包括队列(Cohort)、病例对照(Case-Control)和病例集(Case Set)。这意味着数据在结构上可能同时包含随访队列形式的样本、病例与对照配比形式的样本,以及仅由病例组成的样本集合。关于具体的样本量、变异位点数量、表型字段、基因型数据格式、临床变量种类等细节,源站未提供。该数据集的主题标签与源站描述一致,均为 Cohort、Case-Control、Case Set,未列出其他标签。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)旗下的 dbGaP 数据库。dbGaP 是存储基因型与表型关联研究数据的公共数据库,收录来自各类研究项目的数据。该研究以 phs000801 作为研究编号,英文名称为 NCI Non-Hodgkin Lymphoma GWAS。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、伦理审批信息、测序或基因分型平台等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤与淋巴瘤领域的研究,尤其是针对非霍奇金淋巴瘤的遗传关联分析。由于研究设计涵盖队列、病例对照和病例集,使用者可依据自身研究问题选择相应的分析策略,例如在病例对照框架下进行关联检验,或在队列框架下评估暴露与结局的关系,也可利用病例集开展病例-only分析。此外,该数据集可用于探索非霍奇金淋巴瘤的遗传易感位点、验证既有发现,或作为 meta 分析的组成部分。关于该数据集是否已被用于特定疾病亚型、特定人群或特定通路的分析,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI dbGaP 平台发布,研究编号为 phs000801。通常,dbGaP 数据的使用需要经过数据访问申请流程,获得授权后方可下载和分析。关于该数据集的具体访问级别(如开放获取或受控访问)、申请步骤、所需材料、审批周期以及可用的数据下载格式,源站未提供。使用者在获取数据后,可根据研究设计类型选择相应的统计遗传学或流行病学分析方法。关于推荐的分析软件、流程或参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集作为 dbGaP 收录的研究,其数据质量与完整性依赖于原始研究的实施与提交情况。关于该数据集的样本量是否充足、基因型分型质量、是否存在群体分层、缺失数据比例、质控标准等具体质量指标,源站未提供。此外,该数据集在人群代表性、疾病亚型覆盖范围、随访时长等方面的限制,源站亦未提供。使用者应在获得数据后自行评估其适用性,并参考原始研究的相关发表文献以了解潜在局限。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,研究编号为 phs000801。关于该数据集的正式引用格式、所需遵守的数据使用协议、许可条款、是否允许再分发或用于商业目的等具体信息,源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时,应遵循 dbGaP 平台的相关规定以及原始研究团队的要求。关于该数据集对应的主要论文或致谢要求,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000801

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Cohort, Case-Control, Case Set).

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