GSE93681：CRISPR/Cas9筛选揭示Epstein-Barr病毒合成致死靶点

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE93681

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Epstein-Barr病毒（EBV）可引发地方性Burkitt淋巴瘤及免疫抑制相关淋巴瘤。这些B细胞恶性肿瘤通过不同的转化途径产生，并利用各异的病毒与宿主表达程序。为识别由EBV潜伏感染状态引发的宿主依赖性因素，我们在Burkitt淋巴瘤（BL）和淋巴母细胞样细胞系（LCL）中并行进行了全基因组CRISPR/Cas9筛选。研究结果突显了57个对BL细胞及87个对LCL细胞生长与存活具有选择性关键作用的基因。LCL中的关键基因富集于EBV诱导的基因，包括病毒超级增强子靶标和多种激酶。我们揭示了CD19/CD81在EBV膜蛋白驱动的PI3K/AKT激活中的关键作用，以及EBV如何规避其生长程序引发的肿瘤抑制反应的机制。LMP1诱导的cFLIP对于LCL抵御TNFα介导的程序性细胞死亡至关重要，而EBV诱导的BATF/IRF4则对LCL中BIM的抑制和MYC的诱导起关键作用。EBV超级增强子靶向的IRF2保护LCL免受BLIMP1反应的影响。综上所述，我们的研究结果确定了由宿主/病原体相互作用驱动的合成致死靶点，为治疗干预提供了潜在方向。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。