霍奇金淋巴瘤中微小RNA-24-3p过表达及其对霍奇金和里德-斯滕伯格细胞凋亡的保护作用[染色质免疫共沉淀-芯片]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE92615

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

微小RNA（miRNA）不仅在增殖、代谢、分化和凋亡等生物过程中发挥重要作用，在癌症等疾病中也是如此。我们鉴定了在霍奇金淋巴瘤（HL）中表达失调的miRNA，并研究了它们在HL发病机制中的作用。小RNA测序显示，与GC-B细胞相比，HL细胞系中有84个显著差异表达的miRNA。三个上调的miRNA——miR-23a-3p、miR-24-3p和miR-27a-3p——来源于同一个初级miRNA转录本。对这些miRNA及其种子家族成员进行功能缺失分析，结果显示：在三个HL细胞系中抑制miR-24-3p、在一个HL细胞系中抑制miR-27a/b-3p后，细胞生长下降。凋亡分析表明，miR-24-3p对细胞生长的影响至少部分是由凋亡细胞增加所致。Argonaute 2（Ago2）免疫沉淀（IP）显示，在四个HL细胞系中至少三个细胞系里有1，142个基因被miRNA一致靶向。此外，这1，142个基因中有52个被预测为miR-24-3p的靶标。功能注释分析显示，这52个基因中有15个与细胞生长、细胞死亡和/或凋亡相关。

对前5个基因进行Western blotting显示，抑制miR-24-3p后，CDKN1B和MYC的蛋白水平升高。总之，我们发现miR-24-3p在HL中上调，其抑制作用可能通过靶向CDKN1B和MYC来损害细胞生长。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。