U2932 DLBCL细胞系CREBBP+/+与CREBBP+/-克隆的转录组RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE89879

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）常携带组蛋白乙酰转移酶CREBBP的突变，然而这些突变在淋巴瘤发生中的功能贡献仍 largely 未知。本研究旨在阐明并表征受CREBBP突变影响的分子通路。方法：U2932是一种CREBBP表达为野生型的DLBCL细胞系，采用CRISPR-Cas9策略对其进行操作，使CREBBP的一个等位基因发生突变，并检测受影响的通路。使用NucleoSping RNA试剂盒（Macherey-Nagel）从五个野生型（CREBBP+/+）和五个杂合克隆（CREBBP+/-）中分离RNA。使用Bioanalyzer 2100评估RNA质量，随后使用TruSeq RNA Sample Prep Kit v4（Illumina）进行文库制备。随后在Illumina HiSeq 2500仪器上进行测序。使用fastqc对RNA-seq reads进行质量检查，该软件计算原始reads的各种质量指标。使用STAR将RNA-seq reads比对到GRCh38参考人类基因组，并使用Rsubread Bioconductor包中的featureCounts函数根据Ensembl基因注释对reads进行计数。

使用DESeq2包对差异表达进行了统计分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。