EBV裂解周期调控宿主基因的基因组规模鉴定[ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58245

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）感染静息的原代B淋巴细胞后，会生成一群实际上永生化了的细胞。这是体内建立终身病毒潜伏状态的第一步，并产生可发展为淋巴系统恶性肿瘤的前体细胞。然而，病毒的传播需要从潜伏状态切换到裂解复制周期，这一过程由病毒编码的蛋白Zta所 orchestrate（编排/调控），Zta是一种类似AP1的转录因子，能与一个7碱基对的DNA序列元件相互作用。由于Zta具有重编程宿主细胞基因表达模式的潜力，我们在一种源自伯基特淋巴瘤的细胞系中进行了全局转录组分析（RNA测序），该细胞系中Zta由诱导型启动子表达，模拟了从潜伏状态到裂解周期的切换。我们鉴定出2，263个表达水平发生改变的宿主基因。同时，我们进行了染色质沉淀和下一代DNA测序（ChIP-Seq），以鉴定Zta直接靶向的基因。整合这些数据集后，发现了277个似乎受Zta直接调控的宿主基因。

令人惊讶的是，Zta结合峰的频率和分布表明，Zta通过长距离增强子调控宿主基因，这些增强子与转录起始位点的中位距离为25.8kb，而非通过Zta调控病毒基因时所对应的启动子元件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。