U2932细胞中PRDM11的ChIP数据
该数据可用于研究PRDM11在U2932细胞中的基因组结合位点,结合转录组测序分析其与靶基因转录起始位点的关联,进而探索PRDM11作为肿瘤抑制因子调控关键癌基因表达

基本信息
资源简介
U2932细胞中PRDM11的ChIP数据
PRDM11 ChIP in U2932 cells
该数据集为GSE56064,来源于ncbi.nlm.nih.gov,标题为PRDM11 ChIP in U2932 cells,属于肿瘤/淋巴瘤分类。数据包含1个文件,样例为GSE56064_series_matrix.txt.gz,作者为Anders, H, Lund,发布时间为Mar 20 201。主题标签涉及Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL11154和9606。该数据可用于研究PRDM11在U2932细胞中的基因组结合位点,结合转录组测序分析其与靶基因转录起始位点的关联,进而探索PRDM11作为肿瘤抑制因子调控关键癌基因表达。
【数据集背景】
源站首次发布:Mar 20 201。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):PR结构域家族(PRDMs)编码转录调控因子,其中若干成员在癌症中失调。我们发现Prdm11缺失加速了Eµ-Myc小鼠模型中的MYC驱动淋巴瘤发生。此外,我们显示PRDM11缺陷的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCLs)患者总生存期较差,且属于非生发中心B细胞(GCB)样亚型。机制上,在人类DLBCL细胞中全基因组定位PRDM11结合位点并结合转录组测序证明,PRDM11与靶基因的转录起始位点相关联,并调控FOS和JUN等重要癌基因。因此,我们将PRDM11描述为控制关键癌基因表达的新型肿瘤抑制因子,并为B细胞淋巴瘤发生提供了新的机制见解。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL11154、9606。本站分类:肿瘤/淋巴瘤。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE56064
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 15 201,引用时请注意版本时效。
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
PR结构域家族e(PRDMs)编码转录调节因子,其中若干成员在癌症中失调。我们发现,在Eµ-Myc小鼠模型中,Prdm11缺失加速了MYC驱动的淋巴瘤发生。此外,我们显示PRDM11缺陷型弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的总生存期较差,且属于非生发中心B细胞(GCB)样亚型。在机制上,通过全基因组定位PRDM11结合位点并结合人DLBCL细胞的转录组测序,证实PRDM11与靶基因的转录起始位点相关联,并调控FOS和JUN等重要癌基因。因此,我们将PRDM11鉴定为控制关键癌基因表达的新型肿瘤抑制因子,并为B细胞淋巴瘤发生提供了新的机制见解。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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