人类嗜淋巴肿瘤病毒转录组与蛋白质组耦合分析：病毒基因检测与发现

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE34538

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）和EB病毒（EBV）是相关的人类肿瘤病毒，分别引起原发性渗出性淋巴瘤（PEL）和伯基特淋巴瘤（BL）。在自然感染的癌细胞中表达的病毒基因参与疾病发病机制；了解哪些病毒基因被表达对于理解这些病毒如何致癌至关重要。为了评估病毒基因的表达，我们使用了高分辨率分离和质谱技术，结合定制覆盖阵列，以在潜伏和裂解培养条件下对齐三种PEL和两种BL细胞系的病毒蛋白质组和转录组。在操纵病毒生命周期时，大多数病毒基因在转录和/或蛋白质水平上被有效检测到。总体而言，表达的病毒蛋白和转录本之间的相关性高度互补，既验证了潜伏/裂解病毒基因表达，又提供了正交数据。我们的方法还在KSHV和EBV中识别了新的病毒基因，并扩展了病毒基因组注释。几个先前未表征的潜伏基因的表达在转录和蛋白质水平上均得到了验证。

这种系统生物学方法将蛋白质组和转录组测量相结合，提供了对病毒基因表达的全面视角，这是单独使用任一方法所无法实现的。结合病毒转录本检测病毒蛋白，可能是建立病毒与疾病关系的一种潜在有力方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。