LBCL患者接受axi-cel治疗前肿瘤微环境肿瘤组织bulk RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338087

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们研究了接受Axicabtagene ciloleucel治疗的LBCL患者的肿瘤免疫浸润及其与临床结局的关系。嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法已经彻底改变了B细胞恶性肿瘤的治疗格局，但许多大B细胞淋巴瘤(LBCL)患者仍会出现原发性耐药或复发。为揭示耐药机制，我们检测了输注前的肿瘤活检样本，观察到免疫调节性巨噬细胞增多与临床反应不佳相关。在小鼠模型中，CAR T细胞产生的干扰素-γ(IFN-γ)上调免疫调节性巨噬细胞中的诱导型一氧化氮合酶(iNOS，NOS2)，从而损害CAR T细胞功能。蛋白质组学分析显示，表达iNOS的巨噬细胞促进CAR T细胞凋亡和细胞周期阻滞，同时下调CAR T细胞中的蛋白质合成机制。在代谢层面，CAR T细胞表现出糖酵解中间产物减少以及三羧酸(TCA)循环活性改变。药理学抑制iNOS可增强CAR T细胞在体内的治疗效果。值得注意的是，白细胞单采产物中iNOS+CD14+单核细胞水平升高与CAR T细胞治疗后反应不持久相关。

靶向免疫调节性巨噬细胞中的iNOS，可能通过调节CAR-T细胞产生的IFN-γ，有望改善LBCL的预后。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。