GSE324867：源自超级增强子区域、驱动B细胞淋巴瘤发生的沉默子样非编码RNA的鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324867

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

超级增强子（SEs）协调谱系特异性转录程序，并在癌症中频繁被劫持以维持致癌基因表达。然而，SE来源的非编码RNA在B细胞淋巴瘤中的功能复杂性仍知之甚少。在此，我们通过对弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）增强子景观进行整合性计算机分析，鉴定出一个位于RGS1和RGS13基因座之间的淋巴瘤特异性SE（RGS-SE）。CRISPR/Cas9介导的RGS-SE缺失显著损害了Burkitt淋巴瘤细胞的增殖并抑制了异种移植肿瘤生长，确立了其致癌相关性。Capture Hi-C揭示了RGS-SE与RGS1和RGS13启动子之间的物理相互作用，表明存在顺式调控架构。出乎意料的是，转录组分析表明RGS-SE缺失增加了RGS1表达，而仅轻微影响RGS13，提示非经典调控活性。我们进一步鉴定了一个SE来源的非编码RNA（RGS-ncRNA），其位点特异性诱导抑制了RGS1转录，而CRISPR干扰则轻微去阻遏了其表达。

染色质分析显示，RGS-ncRNA编码区内H3K27me3和PRC2组分富集，符合沉默子样特性。总体而言，我们的发现揭示了一个致癌性SE-ncRNA轴，它不仅作为经典增强子发挥作用，还作为PRC2相关的抑制模块，拓展了SE生物学的概念框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。