HDAC抑制剂诱导EBV裂解异质性的单细胞图谱：B淋巴母细胞中的流产与难治状态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319577

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Epstein-Barr病毒（EBV）与多种恶性肿瘤相关，包括Burkitt淋巴瘤（BL）、霍奇金淋巴瘤、鼻咽癌（NPC）和胃癌。典型情况下，EBV阳性肿瘤表现出难以通过药理学手段靶向的潜伏基因表达程序。为克服这一障碍，基于HDAC抑制的裂解性再激活疗法已被开发，但机制研究有限。因此，我们表征了泛HDAC抑制剂panobinostat和I类HDAC抑制剂nanatinostat对四种EBV阳性细胞系生长、存活和裂解性再激活的影响：P3HR1-ZHT BL、Jijoye BL、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤以及从头感染衍生的淋巴母细胞样细胞系（LCL）。所有细胞系均敏感，使我们能够确定敏感性范围，在此范围内使用单细胞方法评估早期EBV裂解基因表达、细胞周期状态和凋亡。我们观察到，每种EBV阳性恶性肿瘤模型对相同HDAC抑制剂的反应各具独特性，且裂解性再激活仅在细胞群体中的小部分细胞中成功实现。

为阐明宿主因素在阻止成功裂解性再激活中的潜在作用，我们对经HDAC抑制剂panobinostat处理的P3HR1-ZHT BL细胞系进行了单细胞RNA测序。我们观察到，流产性裂解细胞（即未能成功完成裂解周期的细胞）中NF-kB活性下游基因上调。此外，参与免疫信号的基因，包括CD137/CD137L信号轴，在流产性裂解细胞中上调。这些数据对我们如何开展EBV相关恶性肿瘤的溶瘤治疗具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。