JQKD82抑制KDM5A/B的B细胞淋巴瘤转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE310839

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组蛋白甲基化对包括感染和癌症在内的人类疾病的进展具有关键调控作用。我们的研究报道，KDM5家族中的组蛋白赖氨酸去甲基化酶（KDMs）KDM5A/B在抑制致癌性人疱疹病毒8型（HHV-8），即卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）——一种人γ疱疹病毒及多种恶性肿瘤的病原体——的裂解性再激活中发挥重要作用。在KSHV从潜伏期发生裂解性再激活的过程中，宿主先天免疫应答也被激活，预期可通过产生额外的溶瘤效应而有利于肿瘤细胞杀伤。为进一步研究KDM5A/B调控下KSHV对宿主免疫应答的系统性影响，我们通过RNA-seq对经或未经JQKD82处理的KSHV感染的BCBL-1细胞与KSHV阴性的BJAB细胞进行了转录组谱分析。

我们的RNA-seq分析及进一步的实验验证表明，KDM5抑制剂JQKD82能够在KSHV阴性B细胞淋巴瘤中诱导抗病毒/抗肿瘤先天免疫应答，但此类效应在KSHV阳性B细胞淋巴瘤中更为显著，这可能是由于KSHV裂解性再激活进一步触发了肿瘤细胞中的先天免疫活化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。