霍奇金淋巴瘤HRS细胞转录组测序揭示NK细胞识别逃逸与未折叠蛋白反应

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301492

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数据说明

经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的突变谱与相关B细胞淋巴瘤存在重叠，包括原发纵隔B细胞淋巴瘤（PMBL），但二者在组织学和临床上却不相同。为揭示区分cHL的分子特征，我们采用流式细胞术细胞分选和低起始量RNA测序，从18例原发肿瘤中分离出的存活霍奇金和Reed-Sternberg（HRS）细胞生成了全转录组数据，并同时获取了配对的瘤内非肿瘤性B细胞及4个细胞系的数据。将HRS细胞与正常细胞亚群比较，揭示了流产性浆细胞分化的证据，伴有未折叠蛋白反应特征，该特征与浆细胞肿瘤共有，而不见于其他B细胞淋巴瘤类型。cHL与PMBL的比较显示了B细胞分化程序上的相似性，但也存在关键差异，同时cHL中参与微管细胞骨架组织的基因上调，这可能与HRS细胞独特的多核性质有关。

在HRS细胞中，我们还观察到SLAM家族受体的下调，这些受体对NK细胞活化至关重要，这为逃逸NK细胞介导的杀伤提供了潜在机制。发现了新的融合转录本，包括一种复发性转录本，预计会产生涉及TRAF1和PHF19的框内融合蛋白。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。