axi-cel与tisa-cel患者CAR-T细胞产品单细胞RNA测序比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297676

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数据说明

背景：自体CD19 CAR T细胞疗法可使复发或难治性大B细胞淋巴瘤（R/R LBCL）患者获得持久缓解并改善生存。在已获批的CAR T细胞产品中，阿基仑赛（axi-cel；CD19/CD28）较 tisagenlecleucel（tisa-cel；CD19/4-1BB）具有更强的真实世界疗效和细胞因子相关毒性，其原因尚不清楚。方法：本文报告了57例作为R/R LBCL标准治疗患者的输注前CAR T细胞产品的单细胞RNA测序（scRNA-seq），其中axi-cel（n=39）和tisa-cel（n=18），并分析其与临床结局的生物学关联。采用CD19/CD28z或CD19/4-1BBz构建体，在体外模拟已知的axi-cel和tisa-cel CAR制备条件。结果：ScRNA-seq显示axi-cel和tisa-cel是显著不同的产品。Axi-cel包含更多的CD4中央记忆细胞、CD8中央记忆细胞和CD8效应细胞，而tisa-cel包含更多增殖性CD4和CD8细胞。在多个T细胞亚群中，与tisa-cel相比，axi-cel的免疫应答通路以及蛋白质合成和转运通路表达更高。

比较输注产品中CAR转基因阳性（CAR+）细胞与CAR转基因阴性（CAR-）T细胞，axi-cel CAR+细胞的基因表达与axi-cel CAR-细胞存在显著差异。出乎意料的是，tisa-cel CAR+细胞与tisa-cel CAR-细胞高度相似。在已知用于axi-cel和tisa-cel的再现性CAR-T生产条件下，我们发现CAR+细胞在制备后早期与CAR-细胞存在差异，但在延长扩增后变得与CAR-细胞更为相似。扩增培养时间延长（如tisa-cel生产中所采用）大幅减少了初始和中央记忆T细胞亚群。结论：制备完成后，与tisa-cel相比，axi-cel分化程度更低且免疫激活更强，这可能解释其gr

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。