体细胞IRF4突变驱动原发纵隔大B细胞淋巴瘤疾病定义性表达特征与胸腺趋向性 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294946

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数据说明

淋巴瘤中由复杂分子机制驱动的疾病定义性特征已推动了分子分类学的发展，完善了疾病分类，并可能指导临床管理；然而，这些特征在驱动疾病标志性特征（包括亚型特异性器官趋向性）方面的作用在很大程度上仍未被探索。原发纵隔大B细胞淋巴瘤（PMBCL）是一种典型的淋巴瘤，以胸腺微环境中的疾病表现、独特的遗传改变和免疫逃逸为特征。在此，我们通过对大规模数据集的突变荟萃分析，鉴定出IRF4-C99R突变特异性地发生于PMBCL中。我们的功能研究将多组学方法与PMBCL细胞中的基因组编辑相结合，揭示IRF4-C99R促进分化阻滞表型。具体而言，我们证明IRF4-C99R降低了其与PRDM1内ISRE基序的结合，PRDM1编码B细胞分化的关键转录调控因子，从而导致PRDM1表达下降。

此外，IRF4-C99R通过损害ISRE基序结合来抑制TNIK——一种关键的IFNγ通路调控因子，从而减少IFNγ信号传导并增加胸腺和活化调节趋化因子（TARC）的表达，进而驱动TARC介导的调节性T细胞趋化作用。我们还发现，IRF4-C99R通过非经典AICE基序结合上调Ephrin B型受体1（EPHB1），并证明在免疫健全的同系淋巴瘤模型中过表达EPHB1会影响器官趋向性，使其倾向于胸腺定位，而不影响其他器官中的肿瘤负荷。利用单核RNA测序在原代PMBCL组织中验证了IRF4-C99R突变诱导的表型，证实体外观察到的分子机制与患者PMBCL的病理生理学相一致。总之，这些发现揭示了单一基因突变如何协调调控包括PMBCL胸腺特异性趋向性在内的标志性特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。