人类与小鼠ALK阳性B细胞肿瘤DNA甲基化比较图谱[450K]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289985

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

导致间变性淋巴瘤激酶（ALK）基因融合及ALK酪氨酸激酶异常表达的结构性基因组变异，是T系和B系肿瘤亚型的标志性特征，即ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）和ALK阳性大B细胞淋巴瘤（LBCL）。后者是一种罕见的侵袭性淋巴瘤，最初被鉴定为具有浆母细胞特征的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的一种变异型。本研究对人源和鼠源ALK阳性B细胞肿瘤进行了比较性DNA甲基化谱分析。我们将8例ALK阳性LBCL患者的芯片DNA甲基化数据与DLBCL（n=75）、多发性骨髓瘤（MM，n=24）、ALK阳性ALCL（n=12）及正常B细胞群体（n=93）的数据进行了比较。ALK阳性LBCL具有与MM相似的独特DNA甲基化特征，表现为整体DNA甲基化水平低于DLBCL和正常B细胞群体。ALK阳性LBCL中的DNA甲基化改变主要位于异染色质区和多梳蛋白抑制区域。ALK阳性LBCL的表观遗传年龄和相对增殖历史介于MM和DLBCL之间。

与正常小鼠B细胞相比，NPM::ALK转基因小鼠中的B细胞肿瘤显示出类似的低甲基化特征。跨物种比较表明，受低甲基化影响的染色质状态和通路具有保守性。综上所述，这些发现表明，与其表型外观一致，人和小鼠ALK阳性B细胞淋巴瘤共享的表观遗传特征更接近于浆细胞肿瘤，而非DLBCL。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。