组蛋白变体H2A.Z调控Epstein–Barr病毒潜伏期的RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289710

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色质结构在EB病毒（EBV）潜伏感染的调控中发挥核心作用。组蛋白变体H2A.Z.1已被认为与转录起始和DNA复制相关的染色质结构有关。本研究在两种不同的EBV癌症细胞模型中，探讨了H2A.Z.1在EBV潜伏感染期间对EBV染色质及基因表达调控的作用。我们发现，在Mutu I伯基特淋巴瘤（BL）和SNU7-19 EBV相关胃癌（EBVaGC）细胞系中，H2A.Z.1在oriP和Qp处的EBNA1结合位点高度富集，在EBV基因组上转录活跃的CTCF结合位点也有较低程度的富集。通过RNA干扰敲低H2A.Z.1后，Mutu I和SNU719细胞中的病毒裂解基因（ZTA和EAD）被重新激活，病毒DNA拷贝数增加。H2A.Z敲低还导致EBNA1与病毒附加体及质粒上oriP和Qp的结合减少，且这一效应不依赖于其他病毒基因和基因组。H2A.Z.1敲低还降低了EBV基因组调控元件处H3K27ac和H4K20me3的峰值。

在细胞基因组中，H2A.Z.1仅与一部分EBNA1结合位点共定位，且H2A.Z.1的耗竭改变了与myc靶点和mTORC1信号传导相关基因的转录。综上所述，这些发现表明H2A.Z.1在调节EBNA1染色质结合及其在EBV附加体和宿主染色体中的功能，以及潜伏附加体的表观遗传编程方面发挥着重要的调控作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。