EBV阳性与阴性B细胞移植后淋巴增殖性疾病多模态整合分析数据集[Affymetrix]
该数据集来自NCBI GEO,标题为GSE279598,聚焦EBV阳性与阴性B细胞移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)的多模态整合分析,采用Affymetrix表达谱芯片平台(GPL23159,人9606)
![GSE279598: Integrated multi-modal analysis reveals tumor and immune characteristics that distinguish Epstein-Barr virus-positive and -negative B cell post-transplant lymphoproliferative disorders [Affymetrix]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/162445.jpg)
基本信息
资源简介
EBV阳性与阴性B细胞移植后淋巴增殖性疾病多模态整合分析数据集[Affymetrix]
Integrated multi-modal analysis reveals tumor and immune characteristics that distinguish Epstein-Barr virus-positive and -negative B cell post-transplant lymphoproliferative disorders [Affymetrix]
该数据集来自NCBI GEO,标题为GSE279598,聚焦EBV阳性与阴性B细胞移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)的多模态整合分析,采用Affymetrix表达谱芯片平台(GPL23159,人9606)。数据含1个文件GSE279598_series_matrix.txt.gz,可用于比较EBV(+)与EBV(-) PTLD的基因表达差异、识别区分两类淋巴瘤的蛋白标志物,并探索EBV阳性B细胞通过细胞因子/趋化因子调控肿瘤微环境的机制(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Oct 16 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):高流行的致癌性Epstein-Barr病毒(EBV)可在宿主免疫受损时驱动肿瘤发生,导致包括移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)在内的恶性肿瘤。PTLD也可在无EBV的情况下发生,但EBV(+)与EBV(-) B细胞PTLD之间的生物学差异以及相关的宿主-EBV-肿瘤相互作用仍知之甚少。在此,我们揭示了EBV(+)与EBV(-) PTLD之间的核心差异,其特征分别为免疫过程相关基因或DNA相互作用相关基因的表达增加,以及EBV(+) PTLD B细胞通过产生单核细胞招募细胞因子/趋化因子来调节肿瘤微环境的能力增强。我们创建了一个区分EBV(+) B淋巴瘤细胞与EBV(-) B淋巴瘤的蛋白质参考资源,包括免疫调节分子CD300a和CD24。此外,
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:Expression profiling by array、GPL23159、9606。本站分类:肿瘤/淋巴瘤。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279598
【使用注意】
· 源站最后修改于 Nov 13 202,引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279598
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
高致病性的EB病毒(EBV)在宿主免疫功能受损时可驱动肿瘤发生,导致包括移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)在内的恶性肿瘤。PTLD也可在无EBV感染的情况下发生,但EBV阳性与EBV阴性B细胞PTLD之间的生物学差异及相关的宿主-EBV-肿瘤相互作用仍知之甚少。在此,我们揭示了EBV阳性与EBV阴性PTLD之间的核心差异,其特征分别为免疫过程相关基因或DNA相互作用相关基因的表达增高,以及EBV阳性PTLD B细胞通过产生单核细胞趋化细胞因子/趋化因子来调节肿瘤微环境的能力增强。我们构建了一个参考资源库,包含区分EBV阳性B淋巴瘤细胞与EBV阴性B淋巴瘤细胞的蛋白质,分别包括免疫调节分子CD300a和CD24。此外,我们证明CD300a对EBV阳性PTLD B淋巴瘤细胞的最大存活至关重要。我们的综合多模态分析揭示了PTLD的生物学基础,并为精准治疗提供了机会。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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