CB-6644抑制多发性骨髓瘤RUVBL1/2复合物的分子特征[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE271840

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

多发性骨髓瘤是第二大血液系统癌症。RUVBL1和RUVBL2构成多种染色质重塑复合物的亚复合体，这些复合物与癌症进展相关。作为一种特异性针对RUVBL1/2复合物的抑制剂，CB-6644在伯基特淋巴瘤和多发性骨髓瘤（MM）的异种移植模型中表现出显著的抗肿瘤活性。在本研究中，我们定义了MM细胞中与CB-6644治疗相对应的转录特征，并从染色质可及性方面确定了潜在的的表观遗传变化。CB-6644上调了MM细胞中与干扰素反应相关的生物学过程，下调了与细胞增殖相关的过程。转录调控因子推断鉴定出ATF4/CEBP和E2Fs为下调基因的调控因子，MED1和MYC为上调基因的调控因子。CB-6644诱导的染色质可及性变化主要发生在非启动子区域。足迹分析鉴定出参与响应CB-6644治疗调节染色质可及性的转录因子，包括ATF4/CEBP和IRF4。

最后，通过对公共基因表达数据中分子特征基因对多种化学化合物转录反应的整合分析，鉴定出p97抑制剂CB-5083是与CB66-44在多发性骨髓瘤细胞中具有协同作用的候选药物，但实验验证否定了这一假设。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。