GSE264502：染色质环释放因子WAPL通过限制LMP产生调控EBV潜伏状态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE264502

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

EB病毒（EBV）是一种普遍存在的人类病原体，在病因学上与多种癌症相关，并与多发性硬化症有关。EBV采用一系列潜伏程序，包括潜伏III型、潜伏II型和潜伏I型，以持续定植于B细胞区室。这些程序中的每一个都与人类恶性肿瘤相关。然而，我们对这些不同潜伏程序如何在表观遗传上受到限制的理解仍不完整。虽然cohesin和CTCF对EBV基因组染色质结构的调控有助于基因组调控，但cohesin释放因子Wings Apart-Like Protein Homolog（WAPL）的功能此前尚未被了解。在本研究中，我们采用RNA-seq结合免疫荧光分析，确定WAPL缺失导致潜伏I型伯基特淋巴瘤细胞中致癌性潜伏膜蛋白LMP1和LMP2A的异常表达。通过结合Hi-C、Hi-ChIP和ChIP-qPCR，我们发现WAPL缺失引起EBV基因组上环化结构的改变，并特异性诱导LMP启动子与oriLyt增强子之间形成环。

我们提出，EBV利用WAPL来维持严格的潜伏I状态，而在缺乏WAPL的情况下，LMP蛋白会出现渗漏表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。