ST486细胞中circZDHHC11敲低数据集
可用于分析circZDHHC11敲低对ST486细胞转录组的影响，支持淋巴瘤相关基因表达研究（来源 NCBI）。源站首次发布：Jan 03 202
基本信息
资源简介
ST486细胞中circZDHHC11敲低数据集
GSE252484 数据集聚焦于 Burkitt 淋巴瘤细胞系 ST486 中 circZDHHC11 敲低后的基因表达变化，属于肿瘤/淋巴瘤方向的基础研究数据。该数据集由 Yichen、Liu 提交，来源为 NCBI，源站标题为“circZDHHC11 knockdown in ST486 cells”。其核心用途是评估 circZDHHC11 敲低对 ST486 细胞转录组的影响，为淋巴瘤相关基因表达研究提供支持。数据集当前包含 1 个文件，样例文件为 GSE252484_series_matrix.txt.gz，主题标签涉及表达谱芯片分析、GPL21185 平台以及物种编号 9606。整体而言，该数据集适合用于环状 RNA 功能研究、淋巴瘤细胞转录调控分析等场景，但使用前需结合文件格式与字段结构进行核对。
【数据集背景】
该数据集围绕 circZDHHC11 在 Burkitt 淋巴瘤细胞系 ST486 中的功能展开。源站描述指出，研究目的是确定 circZDHHC11 敲低对 Burkitt 淋巴瘤细胞系 ST486 基因表达的影响。Burkitt 淋巴瘤是一种与 B 细胞相关的淋巴系统肿瘤，ST486 作为该领域的常用细胞系，为研究特定分子扰动后的转录组变化提供了实验背景。circZDHHC11 属于环状 RNA 范畴，其敲低实验有助于观察下游基因表达层面的响应。该数据集归入肿瘤/淋巴瘤分类，主题标签中包含表达谱芯片分析、GPL21185 平台和物种编号 9606，说明数据面向人类样本的芯片表达谱检测。整体来看，该数据集服务于 circZDHHC11 在淋巴瘤细胞中的功能探索，适合作为相关基因表达研究的参考数据。
【数据内容】
数据集当前包含 1 个文件，样例文件名为 GSE252484_series_matrix.txt.gz，文件格式为 GZIP 压缩包。从文件命名和主题标签来看，该文件应为芯片表达谱的系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的表达信息。主题标签中列出了 GPL21185 平台和 9606 物种编号，表明数据基于特定芯片平台并对应人类样本。源站未提供样本数量、分组设计、探针数量、基因注释版本等更细粒度的内容，因此无法进一步描述矩阵中的具体字段和数值范围。文件数量为 1，意味着当前可获取的数据以单一压缩包形式组织，使用者需要解压后读取其中的矩阵内容。整体数据内容围绕 circZDHHC11 敲低后的表达谱展开，但具体样本构成和检测指标需以文件内部结构为准。
【采集与来源】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“circZDHHC11 knockdown in ST486 cells”，作者为 Yichen、Liu，发布时间为 Jan 03 202。源站描述明确说明其研究目的为确定 circZDHHC11 敲低对 Burkitt 淋巴瘤细胞系 ST486 基因表达的影响。主题标签包含 Expression profiling by array、GPL21185 和 9606，分别指向表达谱芯片分析、芯片平台编号和人类物种编号。数据集分类为肿瘤/淋巴瘤，说明其应用领域集中在肿瘤尤其是淋巴瘤相关研究。源站未提供样本采集地点、伦理审批信息、实验操作细节、数据处理流程等具体内容，因此这些方面无法进一步展开。整体来源信息表明，该数据集由 NCBI 托管，属于公开可获取的基因表达谱资源。
【适用场景】
该数据集可用于分析 circZDHHC11 敲低对 ST486 细胞转录组的影响，支持淋巴瘤相关基因表达研究。具体而言，适合关注环状 RNA 功能的研究者用于观察敲低后表达谱层面的变化，也可作为 Burkitt 淋巴瘤细胞系转录调控研究的参考数据。由于主题标签涉及表达谱芯片分析和 GPL21185 平台，使用者可在芯片表达谱分析框架下进行差异表达、通路富集等常规探索。数据集分类为肿瘤/淋巴瘤，也适合用于淋巴瘤分子机制研究的背景数据比对。源站未提供更具体的适用场景说明，例如是否支持特定临床转化研究或药物响应分析，因此上述场景仅围绕表达谱和淋巴瘤研究的一般用途展开。
【使用方法】
使用该数据集时，首先下载数据文件 GSE252484_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需要先解压再按文本矩阵格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。读取时可关注矩阵中的样本标识、表达值字段和注释信息，但源站未提供具体字段说明，因此需以文件实际内容为准。由于当前仅有 1 个文件，使用时应先确认文件完整性，再开展后续分析。若用于芯片表达谱分析，可结合 GPL21185 平台信息进行探针注释，但源站未提供注释文件或处理脚本，相关步骤需使用者自行准备。整体使用流程应以文件格式读取、字段核对和批量接入为主线，避免在未确认编码的情况下直接进行大规模计算。
【质量与限制】
该数据集当前仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE252484_series_matrix.txt.gz，源站未提供样本数量、重复设计、数据归一化方法、质控指标等信息，因此无法对数据质量进行具体评估。主题标签中列出了 GPL21185 平台和 9606 物种编号，但源站未提供芯片扫描参数、背景校正方式、缺失值处理策略等细节。发布时间为 Jan 03 202，源站未提供更新记录或版本说明。使用者在分析前应自行核对文件字段与编码，并在小样本上验证读取结果。由于源站未提供伦理审批、样本来源和实验操作细节，相关限制无法进一步说明。整体而言，该数据集可作为表达谱研究的参考，但具体质量与限制需结合文件内部信息和后续分析实践判断。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Yichen、Liu，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“circZDHHC11 knockdown in ST486 cells”。引用时应参考源站提供的作者信息和数据集标题。源站未提供许可协议、使用条款或二次分发限制的具体说明，因此无法确认其许可类型。使用者在使用和传播数据时，应以 NCBI 源站页面公布的信息为准，并遵循来源站的相关政策。源站未提供引用格式、DOI 或出版物信息，相关引用细节需另行查询。整体而言，引用与许可方面应优先依据源站公开信息，避免在未确认许可的情况下进行商业使用或再分发。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE252484
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
To determine the effect of circZDHHC11 knockdown on gene expression in burkitt lymphoma cell line ST486
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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