GSE212350：A-to-I编辑是原发性渗出性淋巴瘤病毒和细胞转录组多样性的主要贡献者

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212350

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数据说明

RNA编辑是转录组多样性的主要贡献因素，具有深远的生物学影响。腺苷至肌苷（A-to-I）RNA编辑是动物中最常见的RNA编辑类型，由一类称为作用于RNA的腺苷脱氨酶（ADARs）的蛋白质家族执行。卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）是包括原发性渗出性淋巴瘤（PEL）在内的多种人类恶性肿瘤的病原体。在PEL中，KSHV转录组内RNA编辑的程度尚不清楚，其对于调控KSHV生命周期的贡献亦不明确。在此，我们利用生物化学和基因组学方法的结合，来确定PEL中再激活期间宿主和KSHV转录组中的RNA编辑景观。对宿主编辑组的分析表明，再激活过程中编辑效率增加，并且通过分析BCBL1和BC-3编辑组，我们发现了保守的以及细胞类型特异性的编辑事件。此外，我们从头预测并验证了KSHV pre-miR-K12-4内的病毒编辑位点。茎区编辑调控miRNA生物发生，而成熟miR-K12-3p种子区内的编辑则调控miRNA靶标特异性和病毒传播。

这些结果共同扩展了PEL细胞的转录组，并描述了A-to-I编辑在KSHV miRNA生物发生及靶标特异性中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。