GSE203663：单细胞转录组分析鉴定结外NK/T细胞淋巴瘤肿瘤微环境关键组分

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE203663

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数据说明

结外自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）是一种侵袭性EB病毒（EBV）相关淋巴瘤，具有异质性肿瘤行为和临床结局。本研究通过对10对肿瘤-血液样本中的137,304个细胞进行单细胞转录组分析，描绘了NKTCL的肿瘤微环境（TME）。我们鉴定出六种具有不同转录特征的恶性亚型，其中LMP1+ NK_C9_CXCL13亚型具有致癌和免疫抑制潜能，并在恶性转化中发挥轴心作用。此外，配体-受体分析和多重免疫荧光染色实验揭示了恶性NK细胞、肿瘤髓系细胞和T细胞之间的密切相互作用，促进了NKTCL中免疫抑制性TME的形成。进一步，共培养实验表明，恶性细胞通过高表达CSF1诱导免疫抑制性和促肿瘤性肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的形成，并通过广泛分泌二肽基肽酶DPP4阻碍正常NK细胞的募集。

最后，我们在多个患者队列中揭示了NKTCL患者间异质性，表现为EBV转录和TAM浸润的差异，其中高水平与低水平分别是对NKTCL患者有利的预后指标。总体而言，据我们所知，本研究首次在单细胞分辨率上剖析了NKTCL肿瘤微环境的异质性组成，为理解NKTCL的致病机制及开发针对NKTCL的新型治疗策略提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。