B细胞淋巴瘤发生过程中H2A.Z占据与DNA甲基化变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE19884

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组蛋白变体H2A.Z被认为参与基因表达的调控，并且在植物中拮抗DNA甲基化。在此，我们利用小鼠淋巴瘤模型探讨哺乳动物中是否存在类似关系，该模型可在肿瘤发生过程中监测染色质状态。采用天然ChIP-on-chip技术，我们发现细胞状态转化过程中转录起始位点（TSSs）周围的H2A.Z逐渐耗竭。此外，我们发现在野生型和Myc转化细胞中，H2A.Z与DNA甲基化在TSSs周围呈反相关。令人惊讶的是，约30%的基因在肿瘤发生过程中（而非之前）显示H2A.Z从TSSs周围重新分布至活跃基因的基因体，且这些变化伴随相反方向的DNA甲基化改变。我们的结果提示，H2A.Z沉积与DNA甲基化之间的拮抗是真核基因的保守特征，且转录偶联的H2A.Z变化可能在癌症发生和进展中发挥作用。关键词：微阵列染色质亲和纯化

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。