纯合iMycCα转基因小鼠作为浆B细胞淋巴瘤模型
该数据集来自NCBI，包含纯合iMycCα转基因小鼠浆B细胞淋巴瘤的RNA测序数据，对CD138+和CD138- B细胞淋巴瘤进行表达谱分析，获得所有蛋白编码基因的标准化表达数据
基本信息
资源简介
纯合iMycCα转基因小鼠作为浆B细胞淋巴瘤模型
GSE190347 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集，主题为纯合 iMycCα 转基因小鼠作为浆 B 细胞淋巴瘤模型。该数据集通过高通量 RNA 测序，对 CD138+ 和 CD138− B 细胞淋巴瘤进行表达谱分析，旨在记录 iMycCα B 细胞淋巴瘤的分子特征，并获得了所有蛋白编码基因的标准化表达数据。数据集归属于肿瘤 / 淋巴瘤分类，包含 1 个数据文件，即 GSE190347_series_matrix.txt.gz，由 Melissa 和 Ferrad 提交，发布时间为 2020 年 12 月 7 日。整体而言，它为研究浆 B 细胞淋巴瘤的转录组特征提供了可用的表达谱资源。
【数据集背景】
该数据集围绕纯合 iMycCα 转基因小鼠这一浆 B 细胞淋巴瘤模型展开。源站标题明确将其定位为“Homozygous iMycCα transgenic mice as a model of plasma B-cell lymphomas”，说明其研究背景是借助该转基因小鼠模型来刻画浆 B 细胞淋巴瘤的分子特征。源站描述进一步指出，为了记录 iMycCα B 细胞淋巴瘤的分子签名，研究者对 CD138+ 和 CD138− B 细胞淋巴瘤进行了 RNA 测序，并获得了所有蛋白编码基因的标准化表达数据。因此，该数据集的核心背景是淋巴瘤模型中的表达谱刻画，而非单纯的模式生物转录组测量。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE190347_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式。内容层面，源站描述表明其包含对 CD138+ 和 CD138− B 细胞淋巴瘤进行 RNA 测序后得到的标准化表达数据，覆盖所有蛋白编码基因。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”，并列出 GPL24247 与 10090 两个标识，分别对应表达谱测序平台与小鼠物种相关编号。数据集分类为肿瘤 / 淋巴瘤，说明其内容组织上归属于肿瘤学中的淋巴瘤表达谱数据。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 站点。作者为 Melissa 和 Ferrad，发布时间为 2020 年 12 月 7 日。源站描述说明数据通过 RNA 测序产生，样本涉及 CD138+ 和 CD138− B 细胞淋巴瘤，并经过标准化处理获得蛋白编码基因的表达数据。除上述信息外，关于具体样本数量、测序批次、建库细节与实验流程，源站未提供。
【适用场景】
基于其内容，该数据集适用于浆 B 细胞淋巴瘤分子特征的研究场景，尤其是围绕 CD138+ 与 CD138− B 细胞淋巴瘤之间表达差异的分析。由于数据覆盖所有蛋白编码基因的标准化表达值，可用于表达谱层面的比较、基因表达模式观察以及淋巴瘤模型相关转录组特征的探索。其肿瘤 / 淋巴瘤分类也使其适合作为淋巴瘤表达谱研究的参考数据。需要说明的是，具体分析用途应结合数据实际字段与实验设计判断，源站未提供更细化的适用场景说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE190347_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段理解偏差导致后续分析错误。由于文件为 series matrix 形式，读取后应关注样本分组与表达值列的组织方式，并结合 CD138+ 与 CD138− 的分组信息开展比较分析。关于标准化方法的具体参数与数据处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模与样本组成在源站描述中未详细展开，因此无法据此判断样本量、重复数或批次效应等质量维度。源站描述仅说明获得了所有蛋白编码基因的标准化表达数据，未提供质控指标、测序深度、比对率或标准化算法细节。此外，发布时间标注为“Dec 07 202”，年份信息不完整，使用时需以源站实际记录为准。总体而言，数据可用性依赖源站文件本身，关于质量评估的更多信息源站未提供。
【引用与许可】
作者为 Melissa 和 Ferrad，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名为 GSE190347: Homozygous iMycCα transgenic mice as a model of plasma B-cell lymphomas。关于许可条款、使用限制与正式引用格式，源站未提供。使用该数据集时应遵循 NCBI 站点的相关要求，并在引用时注明数据集名称与来源。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE190347
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为记录iMycCα B细胞淋巴瘤的分子特征，对CD138+和CD138- B细胞淋巴瘤进行了RNA测序，并获得了所有蛋白编码基因的标准化表达数据。方法：在iMycCα小鼠中研究了B220+IgM+IgD+CD138+和B220+IgM+IgD+CD138- B细胞淋巴瘤。从淋巴瘤细胞（使用Miltenyi Biotech的B220偶联磁珠纯化）中提取总RNA，并通过微阵列进行分析（Génome et Transcriptome, GenoToul, Toulouse, France; get.genotoul.fr）。RNA-seq双端文库按照Illumina方案并稍作调整，使用TruSeq Stranded Total RNA Gold文库制备试剂盒（Illumina, San Diego, USA）制备。文库使用KAPA Library Quantification Kit（Roche, Basel, Switzerland）通过qPCR进行定量。文库质量在Fragment Analyzer（Agilent Technologies, Santa Clara, USA）上使用HS NGS试剂盒进行评估。
文库以等摩尔浓度混合，随后在Illumina NovaSeq 6000仪器（Illumina，美国圣迭戈）的一个S4流动槽泳道上进行RNA测序，使用NovaSeq 6000 S4 v1.5试剂盒（300个循环），采用双端2×150 bp策略。结果：生物信息学分析将CD138+和CD138- B细胞淋巴瘤定义为转录组特征不同的两组（2，522个基因差异表达），驱动多种免疫应答阵列并表达不同的信号/代谢通路。在我们CD138+ B细胞淋巴瘤中，检测了先前建立的人伯基特淋巴瘤（BL）和多发性骨髓瘤特征集的富集情况。与BL相反，骨髓瘤上调和下调特征集均显著富集，强调了小鼠CD138+ B细胞淋巴瘤与人多发性骨髓瘤细胞在分子层面的相似性，以及我们的小鼠作为浆细胞B细胞淋巴瘤相关模型的重要性。结论：我们携带c-myc纯合插入IgH位点的小鼠模型可发生B细胞淋巴瘤，其中很大一部分为CD138+浆细胞新
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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