B细胞系(含原发性渗出性淋巴瘤)差异表达的人与病毒miRNA数据集

该数据集来自 NCBI GEO(GSE18437),包含一组 B 细胞系(包括若干原发性渗出性淋巴瘤 PEL)中差异表达的人与病毒 miRNA 的芯片表达谱数据

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基因组分类Non-coding RNA profiling by arrayGPL90819606
GSE18437: Differentially expressed human and viral miRNAs across a panel of B-cell lines, including primary effusion lymphomas

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

B细胞系(含原发性渗出性淋巴瘤)差异表达的人与病毒miRNA数据集

Differentially expressed human and viral miRNAs across a panel of B-cell lines, including primary effusion lymphomas

该数据集来自 NCBI GEO(GSE18437),包含一组 B 细胞系(包括若干原发性渗出性淋巴瘤 PEL)中差异表达的人与病毒 miRNA 的芯片表达谱数据。数据以 series matrix 文件形式提供,共 1 个文件。基于该数据可开展 miRNA 表达差异分析,用于区分不同 B 细胞系(含 PEL)的表达模式,并支撑肿瘤/淋巴瘤相关的非编码 RNA 表达谱研究(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Oct 06 200。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):旨在鉴定一组 B 细胞系(包括若干原发性渗出性淋巴瘤(PEL))中差异表达的人与病毒 miRNA。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:Non-coding RNA profiling by array、GPL9081、9606。本站分类:肿瘤/淋巴瘤。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18437

【使用注意】

· 源站最后修改于 Dec 05 201,引用时请注意版本时效。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在一组B细胞系中鉴定差异表达的人类和病毒miRNA,包括几种原发性渗出性淋巴瘤(PEL)。γ疱疹病毒和宿主细胞微小RNA(miRNAs)共同调节正常和恶性细胞中的基因表达。利用微小RNA微阵列,我们测定了一系列B细胞肿瘤中成熟病毒和宿主细胞miRNA的表达,这些肿瘤包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)感染的原发性渗出性淋巴瘤(PEL)和爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)感染的伯基特淋巴瘤(BL)细胞系。我们发现35种宿主miRNA在所有B细胞淋巴瘤中组成性表达,并且疱疹病毒阳性肿瘤类型之间的病毒miRNA表达存在明显差异。此外,我们显示在PEL中,miR-221和miR-222的表达因转录本表达缺失而非miRNA编码位点突变而存在缺陷。miR-221和miR-222的缺失导致已知靶基因p27(CDKN1B)的表达增强,而在PEL中重新引入miR-221可降低p27蛋白表达。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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