Bcl6与NFkB顺反子组介导先天免疫应答的相反调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16723

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们利用ChIP-seq技术定义了NF-κB的顺式作用组（cistrome），该组包含31,070个对LPS诱导信号响应的顺式作用结合位点。此外，我们证明转录抑制因子B细胞淋巴瘤6（Bcl-6）调控了Tlr4调控转录组中近三分之一的基因，并且Tlr4激活后，Bcl-6顺式作用组有90%发生塌陷。Bcl-6缺陷型巨噬细胞对脂多糖（LPS）表现出急性超敏反应，通过比较ChIP-seq分析，我们发现，在受刺激的巨噬细胞中，Bcl-6与NF-κB的顺式作用组在核小体距离内于近半数Bcl-6结合位点处相交，从而促进局部染色质的相反表观遗传修饰。这些结果揭示了一种控制先天免疫反应的基因组策略，其中抑制性和诱导性顺式作用组通过表观遗传标记的顺式调控元件，在巨噬细胞的静息与激活状态之间建立动态平衡。关键词：全基因组位置分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。