GSE162516：Galectin-9在EBV驱动的人B淋巴细胞转化中的关键作用
该数据集来自NCBI GEO，标题为GSE162516，聚焦Galectin-9在EBV驱动的人B淋巴细胞转化中的关键作用
基本信息
资源简介
GSE162516：Galectin-9在EBV驱动的人B淋巴细胞转化中的关键作用
GSE162516 数据集来自 NCBI GEO，标题为“Critical role of galectin-9 in EBV-driven transformation of human B-lymphocytes”，聚焦 Galectin-9 在 EBV 驱动的人 B 淋巴细胞转化中的关键作用。该数据集归类于肿瘤 / 淋巴瘤方向，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为人（9606），平台编号为 GPL21290。数据集共包含 1 个文件，样例文件为 GSE162516_series_matrix.txt.gz，作者为 Jing-xiao，Xu，发布时间为 Dec 02 202。整体而言，该数据集围绕 EBV 相关 B 淋巴细胞转化过程中 Galectin-9 的作用这一主题组织，适合作为相关表达谱研究的参考数据。
【数据集背景】
源站描述指出，在若干类型的恶性肿瘤中，尤其是 EBV 相关的鼻咽癌，Galectin-9（Gal-9）高表达提示侵袭性肿瘤表型。然而，Gal-9 对 B 细胞淋巴瘤（BCL）肿瘤发生的作用尚未得到研究。该数据集正是围绕这一尚未充分探索的问题，以 EBV 驱动的人 B 淋巴细胞转化为切入点，考察 Galectin-9 在其中所扮演的关键角色。
【数据内容】
该数据集的主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、GPL21290 以及 9606，表明其数据属于高通量测序产生的表达谱类型，平台为 GPL21290，物种为人。数据集文件数量为 1，文件样例为 GSE162516_series_matrix.txt.gz，即一个 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。源站未提供样本数量、分组设计、具体基因或转录本条目等更细粒度的内容信息。
【采集与来源】
数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov（NCBI GEO），源站标题为“Critical role of galectin-9 in EBV-driven transformation of human B-lymphocytes”。作者为 Jing-xiao，Xu，发布时间为 Dec 02 202。数据通过高通量测序方式获得表达谱信息，所属分类为肿瘤 / 淋巴瘤。除此之外，源站未提供采样组织、细胞模型、处理条件及测序细节等采集层面的更多说明。
【适用场景】
基于其主题与数据类型，该数据集可用于围绕 EBV 驱动的人 B 淋巴细胞转化与 Galectin-9 作用开展表达谱层面的分析，也可作为 B 细胞淋巴瘤相关肿瘤发生机制研究的参考数据。其高通量测序表达谱属性使其适用于基因表达水平的比较与探索性分析。源站未提供关于具体分析用途、验证实验或临床转化场景的进一步说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE162516_series_matrix.txt.gz，按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以保证后续处理的一致性与准确性。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析流程说明。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，源站未提供样本量、重复设置、测序深度、数据完整性评估或质控指标等信息，因此其质量特征无法依据现有信息进一步说明。使用时应注意其内容范围限于表达谱系列矩阵文件，其他原始数据或配套信息是否可得，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款信息。使用该数据集时，建议遵循 NCBI GEO 的通用使用规范，并关注源站页面后续可能给出的引用要求；具体引用格式与许可条件以源站未提供，需另行核实。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162516
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
背景：在多种恶性肿瘤中，尤其是EBV相关鼻咽癌，Galectin-9（Gal-9）高表达提示侵袭性肿瘤表型。Gal-9对B细胞淋巴瘤（BCLs）肿瘤发生的作用尚未被研究。方法：采用免疫组织化学（IHC）染色检测66例BCL患者肿瘤切片中Gal-9、STING和EBNA1的表达。体外人工EBV感染正常原代B细胞用作实验模型。通过bulk RNA测序和生物信息学分析研究发生转化的EBV感染B细胞转录组的动态变化。通过向EBV感染的原代B细胞添加重组Gal-9及生长实验，在体外研究Gal-9的致癌作用。通过免疫印迹和免疫荧光（IF）染色、CHIP和荧光素酶报告基因实验研究潜在分子机制。结果：在BCLs临床标本中，Gal-9表达与肿瘤分期、潜伏EBV感染及病毒潜伏蛋白EBNA1丰度显著相关。
观察EBV驱动的B细胞转化过程中体外发生的转录组变化，我们能够鉴定出一系列经历长期激活并在成熟LCL中保持高表达的基因。Gal-9基因便是其中之一。在转化过程中，其mRNA水平的表达增强，而在蛋白质水平上的增强更为显著。这种上调至少部分源于EBNA1对其启动子的反式激活作用，EBNA1能够结合其启动子。反过来，我们发现添加细胞外Gal-9可促进B细胞转化及EBV感染潜伏期的建立。同时，细胞外Gal-9阻断STING信号通路并增强STAT3磷酸化。抑制STING信号通路或STAT3磷酸化可阻断B细胞转化，即使在Gal-9存在的情况下亦然。结论：我们的数据揭示了一种作用
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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