OBF1与Oct因子调控生发中心转录程序（RNA-seq - 人）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161838

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

OBF1是POU家族转录因子OCT1和OCT2的特异性共激活因子。OBF1和OCT2在B细胞中特异性表达，并且对生发中心（GC）的形成不可或缺，但其作用机制尚不清楚。在此，我们通过ChIP-seq技术显示，OBF1与OCT1和OCT2广泛共定位，并稳定它们的结合。我们发现，这些因子也常与ETS家族转录因子如PU.1和ETS1共定位。此外，我们还发现OBF1、OCT2和OCT1广泛结合于参与GC形成的基因的启动子或增强子区域，例如关键调控因子Bcl6和Foxo1。shRNA敲低实验表明，OCT1、OCT2和OBF1对GC来源的淋巴瘤细胞系的增殖至关重要。OBF1下调会破坏GC转录程序：参与GC维持的基因——如BCL6——被下调，而与退出GC程序相关的基因则被上调。在OBF1耗竭的GC来源Raji细胞中，异位表达BCL6并不能恢复其增殖，除非同时耗竭IRF4，这表明OBF1控制着GC分化中的一个关键调控节点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。