全基因组筛选解析DLBCL中CC-122耐药机制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE158303

标准获取流程：

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数据说明

CC-122是一种新一代cereblon E3连接酶调节剂，在复发或难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤（R/R DLBCL）患者中已显示出有前景的临床疗效。在机制上，CC-122诱导IKZF1/3降解，从而导致T细胞活化以及在DLBCL中强效的细胞自主性杀伤。在此，我们报告了在DLBCL细胞系SU-DHL-4中针对CC-122开展的全基因组CRISPR/Cas9正向选择筛选，并在6个DLBCL细胞系中进行后续机制表征，以鉴定调控对CC-122应答的基因。排名最靠前的CC-122耐药基因不仅编码CUL4-DDB1-RBX1-CRBN E3泛素连接酶复合物的已知成员或调控因子，还编码若干信号传导和转录网络的关键组分，而这些组分此前未被证明可调节对其他cereblon调节剂的应答。敲除CYLD、NFKBIA、TRAF2或TRAF3会诱导经典和/或非经典NF-κB通路的过度激活，并随后在6个DLBCL细胞系中的5个中减弱CC-122诱导的细胞凋亡。

KCTD5作为CUL3-RBX1-KCTD5泛素连接酶复合物的底物受体，其耗竭可促进其同源底物GNG5的稳定，从而导致HT、SU-DHL-4和WSU-DLCL2细胞对CC-122产生耐药性。此外，敲除AMBRA1可使SU-DHL-4和U-2932细胞对CC-122产生耐药性，而敲除RFX7则仅使SU-DHL-4细胞产生耐药性。本研究揭示的DLBCL细胞系中CC-122耐药的普遍性及细胞系特异性机制，精准定位了可能与患者临床耐药相关的基因变异，并有助于开发生物标志物策略以进行患者分层，从而可能改善CC-122治疗R/R DLBCL的临床结局。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。