KSHV+ PEL细胞中KSHV再激活后宿主全局基因表达变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123898

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）是一种人类致癌病毒，其通过从潜伏感染的细胞中间歇性再激活以产生病毒子代，从而维持对宿主的持续感染。在本研究中，我们在KSHV阳性原发性渗出性B细胞淋巴瘤细胞（PEL）中对KSHV再激活过程进行了全面的时间进程转录组分析。为此，我们使用了名为TRExBCBL1-3xFLAG-RTA的重组PEL细胞系。通过在培养基中加入1 μg/ml多西环素（Dox）诱导N端3xFLAG标签标记的RTA表达。在诱导后0、6、12和24小时（hpi），我们在TRExBCBL1-3xFLAG-RTA细胞中鉴定了总体基因表达变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。